代码及数据集:
MedicalImageSegmentation: 复现一个医学图像分割的项目 - Gitee.com
xin麒/MedicalImageSegmentation - 码云 - 开源中国 (gitee.com)
两个都可以,差不多的(要不就使用第二个吧,第二个后续都会继续更新,不过基本上都更新完毕了),差异是介绍一点点修改。
完整视频介绍:
1、复现基于unet的眼底血管的医学图像分割项目-运行及结果_哔哩哔哩_bilibili
https://www.bilibili.com/video/BV1Vs4y1F7m6/
2、复现基于unet-眼底医学图像分割项目-环境配置_哔哩哔哩_bilibili
https://www.bilibili.com/video/BV1Fs4y1F7hr
3、复现基于unet-眼底血管-医学图像分割项目-部分原理+参考来源+过程+其他运行结果等其他说明_哔哩哔哩_bilibili
https://www.bilibili.com/video/BV1Hg4y1N7N6/
这个readme.md文件相当于这三个视频的所有内容吧。
看完视频和这个文章应该是可以完全将该项目复现的,够用了的。
一、前言准备
1、anconda安装
https://blog.csdn.net/in546/article/details/117400839这个文章可能也可以,不过还是用了开头地1那个作为参考镜像源是使用这个网站:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
最后面网盘里有了,可以不用安装,直接用我的就可以了。
2、简单入门conda
https://zhuanlan.zhihu.com/p/383379900
感觉这个文章不错,值得学习。创建虚拟环境就看这个文章吧,够用了。
二、遇到的问题
真的绕不过去,没安装annacoda真的没办法安装
https://blog.csdn.net/weixin_45552562/article/details/109668589
发现keras好像是这个库没下载,也就是下载失败,重新试一下再将报错信息浏览器找到这个文章,第一个方法就解决了
其他的还有很多,没办法一一列出。
三、启动
1、查看conda版本:
conda -V
2查看虚拟环境个数
conda info --envs
3进入环境
conda activate xxxx
版本号和其他信息:
本项目具体在anaconda环境下运行,下面是本项目的主要配置信息(配置好下面的包应该够用了)。
配置 | 版本等信息 |
---|---|
Anaconda | Anaconda3-2023.03-1-Windows-x86_64 |
python | 3.6版本(为了更好的适应tensorflow框架),默认安装3.6.13版本 |
tensorflow | 1.13.1 |
numpy | 1.16.4 |
matplotlib | 2.2.5 |
keras | 2.2.5 |
Pillow | 5.0.0 |
tensorflow先安装,然后再安装keras,之前查看知乎的是这么说的。其他的库直接网上搜索怎么下载即可,要注意的是有些install+库名1和对应的import+库名2的库名1和库名2是不一样的。
四、原理
本项目主要是基于unet模型来实现对眼底血管的分割。
Unet模型的主要执行思路和其他语义分割模型是类似的。
①主干特征提取部分,主要是提取特征层
②利用上一步提取的有效特征层采样,再进行融合,获取得到一个最终的融合了所有特征的有效特征层。特征融合的方式:通过第一步采样的结果进行通道堆叠,选集,不断采样融合堆叠得到特征层,相当于整个网络的特征浓缩,这个特征层可以用来预测。
③预测部分。预测过程:通过对最后一个特征层进行通道数据调整,需要将通道数调整为我们需要分配的个数,相当于将输入的图片的每一个像素点进行分类
五、其他参考
程序参考:
(89条消息) Unet简明代码实现眼底图像血管分割_将2d眼底图像中的血管区域分割出来,分割结果中血管区域的像素值置为0,其他区域像_Brikie的博客-CSDN博客
https://blog.csdn.net/Brikie/article/details/100177873这个文章的代码我在我的conda虚拟环境终端里是可以跑,但是缺失了一些图片。于是我对这个代码进行了微调,于是才把图片跑出来了。
六、其他end
1、求B站的点赞+关注,你的小小鼓励都是我的最大前进动力!
2、我的conda对应虚拟环境其他库的版本的介绍就放到【此虚拟环境库的版本号.txt】这个txt文件了。
3、运行结果等其他软件:
链接:https://pan.baidu.com/s/1sFLw_32mvb0N4QrpgNZszA?pwd=wy3t
提取码:wy3t
这个网盘里面的内容里的txt文件基本上是我做该项目的大致的一个过程了,其实也不用看了的,因为可以说用不到吧,我所有的内容已经在这三个视频·里面说明了的,只要按照视频的那些只要的环境配置配好了就基本上可以跑同那个Main.py文件了。
另外这个网盘里有三个软件或者python库:
实际上这三个文件也不需要按照我提供的来,只要自己可以搭建和【此虚拟环境库的版本号.txt】这里所描述的大多数库版本一样,那么就可以将这个程序跑起来了,这三个文件有些可能用不上的那就没必要使用了。
本项目仅仅侧重于复现,通过视频和文章复现完全够用了,原理性的还是自己去探索吧。