PSP - 更新 MSA 搜索的全部 UniProt 蛋白序列库

news2024/11/7 11:37:30

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UniProt

UniProt 是一个提供蛋白质序列和功能信息的数据库,由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)、美国瑞士生物技术信息中心(SIB)和美国蛋白质信息资源(PIR)共同维护。

UniProt 包括三个主要部分:UniProt 知识库(UniProtKB)、UniProt 非冗余参考集合(UniRef)和UniProt 档案(UniParc)。

  • UniProtKB 是一个高质量的注释数据库,包含两个子部分:UniProtKB/Swiss-Prot,是一个由专家手工注释的数据库,包含已知的蛋白质序列和功能信息;UniProtKB/TrEMBL,是一个由计算机自动注释的数据库,包含从基因组、转录组和蛋白组项目中收集的蛋白质序列。
  • UniRef 是一个为了加快搜索速度而创建的非冗余蛋白质集合,它根据序列相似度将 UniProtKB 中的蛋白质分为三个集合:UniRef100、UniRef90 和 UniRef50。
  • Un

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