uniprot蛋白序列数据库，蛋白质结构数据库PDB；pymol pse格式

news2024/12/23 12:22:16

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蛋白质结构数据库PDB

注意点：很多数据含有共晶配体的结构

很多时候，蛋白晶体结构中不只是蛋白，还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物（抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物）、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子；除了目标蛋白，可能还有其他蛋白。在PDB数据库的蛋白详情页内有详细记录，我们需要了解各组分是什么物质，各自的作用是什么，哪个是共晶配体。

（蛋白晶体结构中各组分的信息）

一些很小的分子，数量很多的分子，结合在很浅的蛋白表面的分子，通常不会是配体分子（但也有例外）。还有一些名称非常常见的，比如：GOL、ACT、PEG、SO4等等，这些只是蛋白结晶所需要的或者在溶液中存在的分子，不是真正意义上的配体分子。
仍然以4UMX为例，通过查询它的详细记录（https://www.rcsb.org/structure/4UMX），我们了解到NAP是辅酶，VVS是小分子配体，GOL是助溶剂分子而已。那么，我们应当以VVS的结合位置为对接口袋，而不应以NAP为对接位点。考虑到NAP与VVS有直接的相互作用，我们应当在对接时保留NAP，把它作为受体的一部分参与对接。

常见的辅酶还有：ADP、ATP、NAD+、NADH、NADP+、NADPH、HEME。