写在前面

吐槽一番：

一般情况下，不是在万不得已，真心不想用R，最让人望而却步的就是包的安装问题，动不动就出现版本不兼容问题，或者下载这个包A要依赖那个包B，包B依赖包C。。。这不是第一次遇到了。。。

但无奈的是，有时候看到一些文献中，提供的现成脚本已经集成了R包，想测试只能硬着头皮下，有种感觉是十次下载包，八次可能都要出点小问题。

不过，就是因为经常有安装问题，所以网搜会发现很多网友也遇到过类似的问题，但可能不完全一样，只能多找找结合起来解决自己下载时出现的问题。

另外，减少出现安装包的问题，可通过用Rstudio和annocoda下载安装包。笔者使用的Rstudio，但还是会出问题，这里是笔者在安装一个R包MethylCal出现的问题及解决办法。

问题描述

根据github上的安装说明，安装MethylCal：https://github.com/lb664/MethylCal

安装说明中，也指出安装该包需要一些依赖包

【1】先安装：INLA

install.packages("INLA", repos = c(getOption("repos"), INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep = TRUE)

在Rstudio的命令行输入命令：

【2】然后执行如下命令：

install.packages("devtools")  # 安装包：devtools
library(devtools)  # 导入包 devtools
devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual"))  # 安装 MethylCal

命令执行后，出现报错 Rtools is required to build R packages。

解决过程

【1】安装INLA

由于直接执行了以上两个步骤的命令，发现安装INLA已经出错了。（这里没仔细看，也忘了截图什么报错了），直接网搜了安装INLA方法：R语言INLA包最新安装方法，说是先下载另外一个包：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
    
BiocManager::install("Rgraphviz")

在Rstudio的命令行上述命令，没用报错。但是执行安装INLA命令，仍是不成功，根据命令的网址，手动下载压缩包(这里是地址)后解压到R安装包路径下，一般路径是在你下载R的目录\R\R-4.2.2\library\INLA （我这里R是4.2.2版本），INLA_22.05.07.zip解压后就是INLA目录。

【2】安装Rtools

对于报错 Rtools is required to build R packages，网搜有很多。找到了一个安装Rtools的方法：参考这里的方法2。

1. 找到Rtool安装包(.exe)，下载后按提示安装即可。
   【注意这里是要对应自己的R软件版本】
   
2. 安装后在Rstudio命令行执行如下命令：（我是重启Rstudio后，直接执行下面两个命令）

   writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
   Sys.which("make")  # 返回rtools的路径
   

   执行后，我这里没有报错（庆幸…），返回rtools的下载路径：
   
3. 重新执行命令：
   MethylCal包说明中，安装INLA和devtools的命令则没有再执行。只执行了：

   library(devtools)  # 导入包 devtools
   devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual"))  # 安装 MethylCal
   

   注：INLA上面已经手动下载，devtools安装命令行前面已执行。

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上面在执行安装Rtools和INLA时，有多次尝试，主要是中间可能执行过其他命令，比如，install.packages("devtools")，可能已经安装过这个包，又执行过一次，还手动在Rstudio的右侧尝试安装包，各自试。。。

结果就是终于把这个包MethylCal安装成功了。。。

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附：
在jupyter notebook中使用R：

用Rstudio命令行执行如下命令：

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

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