药物分子虚拟筛选规则

Lipinski Rule

RO5是辉瑞公司资深药物化学家Christopher A. Lipinski在1997年提出，虽然随时代发展虽然其适用范围逐渐变窄，但仍然非常有参考意义。其主要内容如下：

分子量(Mw)小于500；
氢键供体(HBD)数目小于5；
氢键受体（HBA）数目小于10；
脂水分配系数（logP）小于5；
可旋转键（rotatable bonds）的数量不超过10个。
除了以上RO5性质，另外还有几个对于药物开发关键的性质:
类药性（QED）：0-1区间归一化后的数值，衡量化合物和药物相似性，虽不准确，但简单直接
手性中心个数（chiral_centers）:过多的手性中心，会导致合成与纯化工艺难度的大幅提高。

from rdkit import Chem
import numpy as np
import pandas as pd
from rdkit.Chem import PandasTools, QED, Descriptors, rdMolDescriptors
def cal_mol_props(smi, verbose=False):
    try:
        m=Chem.MolFromSmiles(smi)
        if not m:
            return None,None,,None,None,None,None,None,None
        mw = np.round(Descriptors.MolWt(m),1)
        logp = np.round(Descriptors.MolLogP(m),2)
        hbd = rdMolDescriptors.CalcNumLipinskiHBD(m)
        hba = rdMolDescriptors.CalcNumLipinskiHBA(m)
        psa = np.round(Descriptors.TPSA(m),1)
        rob= rdMolDescriptors.CalcNumRotatableBonds(m)
        qed= np.round(QED.qed(m),2)
        chiral_center=len(Chem.FindMolChiralCenters(m,includeUnassigned=True))
        if verbose:
            print ('Mw ',mw)
            print ('Logp ',logp)
            print ('HBD ', hbd)
            print ('HBA ', hba)
            print ('TPSA ', psa)
            print ('RotB ', rob)
            print ('QED ', qed)
            print ('chiral_center ', chiral_center)
        return mw,logp,hbd,hba,psa,rob,qed,chiral_center
    
    except Exception as e:
        print (e)
        return None,None,,None,None,None,None,None,None