使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷过程
我们以甲烷为例子
使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷的过程大致分为两步：首先通过gaussian计算得到esp电荷，然后使用antechamber拟合resp电荷.
- 构建分子的结构文件，并存为mol2文件
2 使用gaussian优化结构
注意：部分参数可以在gaussianview中界面去设置，有的需要手动在文件中设置
我这里全部手动加入
保存gjf文件,在修改
%chk=methane.chk
%nproc=32
# opt b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) pop=mk geom=connectivity iop(6/33=2,6/42=6)
Title Card Required
0 1
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=0) -1.29000000 2.55000000 0.00000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0) -0.93300000 1.54200000 0.00000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0) -0.93300000 3.05500000 0.87400000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0) -0.93300000 3.05500000 -0.87400000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0) -2.36000000 2.55000000 0.00000000
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5
bcr_ini.gesp
bcr.gesp
注意：将C(PDBName=C,ResName=,ResNum=0)括号内的信息删除，保留C，我win10上不删除会报错
修改说明：详细参考高斯手册
#p HF/6-31G* SCF Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) opt
Pop=MK是生成Antechamber可用的gesp文件的关键词iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1)这几个关键字是要求Gaussian输出RESP Fitting。其中:iop(6/33=2)是进行RESP Fitting并输出到Gaussian的.log文件。iop(6/42=6)是指定精度（的关键字之一）。
以上两个关键字可以在Gaussian 03及之前的版本中使用。iop(6/50)=1是Gaussian 09 C.01之后推荐的独立于高斯输出文件的resp文件格式，在antechamber中称为"gesp"，使用时需要在高斯输入文件末尾指定单独的gesp的文件名称。
Gaussian 09B.01（可能还有G09A，没有该版本不知道)“误删”了RESP Fitting的代码，所以以上关键字没一个管用。
Gaussian 09C.01及后续版本恢复了误删的代码并且加上了gesp的代码，所以以上关键字全部可以使用。
- 并在坐标后面输入两个文件名
bcr_ini.gesp和bcr.gesp，（前者为初始结构的RESP电荷，后者为优化后的RESP电荷
3, 高斯拟合
g16 xxx.gjf
生成如下文件， ***.out就是我们需要的
4. 使用Amber 将优化结果转化为.mol2文件
antechamber -i X.out -fi gout -o X.mol2 -fo mol2 -c resp -at amber
