1. 颅骨去除

出现这个界面就一直等待即可：

segment的结果文件中会出现四个文件夹label、mri、report、surf

在mri文件中，mwp1是分割出来的灰质图像，mwp2是分割出来的白质图像，这两图像均是bias correction和空间配准后的。p0**应该是灰质+白质+脑脊液的图像，图像在原始空间上，没有配准。最后一个数据应该是去除头骨后的图像，bias correction和空间配准后的。

2. dicom和nifti互转

import dicom2nifti
import SimpleITK as itk
# pytorch311

# dicom2nifti.dicom_series_to_nifti("CTA-GAN/PA1/SE1", "CTA-GAN/PA1/SE1.nii.gz", reorient_nifti=True)

# nifti2dicom 就使用3D slicer进行操作即可

for i in range (1, 11):
    dicom0_file = "PA" + str(i) + "/SE0"
    nifti0_path = "PA" + str(i) + "_SE0.nii"
    dicom2nifti.dicom_series_to_nifti(dicom0_file, nifti0_path, reorient_nifti=True)

    dicom1_file = "PA"+str(i)+"/SE1"
    nifti1_path = "PA"+str(i)+"_SE1.nii"
    dicom2nifti.dicom_series_to_nifti(dicom1_file, nifti1_path, reorient_nifti=True)

3. 配准到标准空间

Reference

1. MRI使用SPM预处理