MolFormer分子预训练模型

news2024/11/29 22:30:51

Large-scale chemical language representations capture molecular structure and properties(2022,NMI)

和原本transformer encoder的不同:

  1. 采用linear attention mechanism
  2. rotary positional embedding

模型

transformer encoder(BERT)

输入

构建好词汇表,分词
根据代码,分词用的是bos,eos,pad,mask(不是cls)

SMILES序列

输出

第一个是BOS处理后的feature
最后一个是EOS的feature

使用

用的是最后一层输出的所有向量的平均值而不是BOS

注意力可视化:选的是中间层
请添加图片描述请添加图片描述
注意力图太noisy了

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