LightDock、PatchDock蛋白蛋白对接软件linux端命令行使用

news2024/11/24 7:07:05

本文实在ubuntu下操作

DDB1-CRBN.pdb 、brd4.pdb 是需要对接的两个pdb蛋白文件

1、PatchDock

网页版：https://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/php.php

PatchDock有网页版，如下；软件版需要申请获取下载链接
参考：https://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/php.php
https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/127363166

下载解压后：
在这里插入图片描述
使用：

1、生成params.txt
./PatchDock/buildParams.pl  DDB1-CRBN.pdb brd4.pdb

2、对接，output是对接结果
./PatchDock/patch_dock.Linux  params.txt  output

3、提取对接结果，从output提取前6ge
./PatchDock/transOutput.pl output 1 6

在这里插入图片描述

2、LightDock（python版本dock方法）

网页版：https://server.lightdock.org/job/quick/step/1

参考：https://lightdock.org/tutorials/0.9.2/simple_docking

安装： pip install lightdock

注意：LightDock软件对于输入的 pdb文件需要提取处理删除掉含有的杂原子 HETATM；可以通过pymol处理

1、蛋白预处理，生成setup.json文件
lightdock3_setup.py test1.pdb brd4.pdb  --noxt --noh --now -anm

在这里插入图片描述

2、对接，100 step，6是cpu数量；we will only perform 100 steps on the swarm 0 with the following command；结果在swarm_0文件下
 lightdock3.py setup.json 100 -c 6 -l 0

3、提取结果;从 gso_100.out 提取前10
cd swarm_0
lgd_generate_conformations.py ../test1.pdb ../brd4.pdb gso_100.out 10

在这里插入图片描述