目前利用lumpy-SV进行鉴定SV是比较常用的软件,但是其依赖python2.7版本的环境
## 创建python 2.7版本conda环境
conda create -n python27 python=2.7
## 进入py27环境
conda activate python27
## 下载lumpy软件并安装
git clone --recursive https://github.com/arq5x/lumpy-sv.git
cd lumpy-sv
make ##编译
##进入bin目录
cd ./bin
##x测试一下软件
./lumpy
出现帮助文档信息,则表明软件安装成功。
最后将其bin目录配置~/.bashrc环境,则在任何目录中即可调用命令。