picard的安装

news2024/11/27 18:41:06

最近在通过GATK所介绍的best practice流程来call SNP流程

1.流程

1.1 BWA比对，获得sam文件

1.2 准备用picard来压缩排序sam文件为bam文件，并对bam文件进行去重复（duplicates marking）

这是就需要用到picard软件按照教程网页上给的下载路径picard download | SourceForge.net，里面是2015年的1.119版本，下载解压缩后，按照官网教程Picard Tools - By Broad Institute进行测试时发现，picard竟然无法正常使用

这是查了后才知道，由于picard是java软件，picard-1.119版本却不支持我的电脑上的java 1.8

2.下载并安装

下载网址 picard

然后解压即可使用

本文来自互联网用户投稿，该文观点仅代表作者本人，不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如若转载，请注明出处：http://www.coloradmin.cn/o/720082.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符，请联系多彩编程网进行投诉反馈，一经查实，立即删除！

Mac使用Puppeteer，并启动chromium

Mac使用Puppeteer，并启动chromium Puppeteer官网 chromium下载地址通过chrome://version 可查询 Chromium 浏览器信息 const puppeteer require(puppeteer);(async () > {const browser await puppeteer.launch({executablePath: 上图可执行文件路径,headl…

爬取12306上所有城市的站台信息

0. 需求爬取所有城市下的站台信息保存到Excel中: 效果: 1. 定位数据源在12306随便一个车票查询页面上,通过F12控制台获取网站请求车站数据的URL 博主当前获取的URL为: https://kyfw.12306.cn/otn/resources/js/framework/station_name.js?station_version1.9270*注意…

服务器数据恢复-raid10重建为raid6的数据恢复案例

服务器故障： 一台IBM V7000存储中的vdisk丢失，Solaris操作系统中的部署的Oracle数据库不可用。经过和工作人员的沟通得知故障原因：工作人员进行重建MDisk的操作，将原先的raid10重建为raid6，然后又再次重建为raid10&…

RLHF文本生成图模型

背景语言大模型有RLHF技术点，是否图生成也需要RLHF。要回答这个问题其实首先需要回答的问题有三个： 1.RLHF到底是个什么技术 2.为什么需要用RLHF技术，在语言大模型用RLHF模型解决什么问题点 3.图在什么情况下需要用到RLHF技术点 RLHF技…

如何实现监听某些数值，异步页面请求后再渲染到页面上

问题： 当我们遇到小程序在某个页面，需要刷新另一个页面的数据时，通常都是返回到刷新页面，然后执行onshow的函数。但是是否可以拿数值之后，直接就更新相应的数值就行了？不用整体刷新。或者有时候页面已经…

7.3.4 【Linux】文件系统检验

xfs_repair 处理 XFS 文件系统 xfs_repair 可以检查/修复文件系统，不过，因为修复文件系统是个很庞大的任务！因此，修复时该文件系统不能被挂载。 fsck.ext4 处理 EXT4 文件系统 fsck 是个综合指令，如果是针对 ext4 的…

“软件源 xxx 的选项 Signed-By 中含有互相冲突的值 xxx“解决方法

问题： 解决方法： 删除目录“/etc/apt/sources.list.d”下的所有文件。（至于为什么，我也不知道） 参考文章： Ubuntu18.04 安装Docker 报错：Signed-By 中含有互相冲突的值_Wynne然然不乖的博客-CS…

基于Springboot+Vue的房屋中介系统(源代码+数据库+14000字论文)064

基于SpringbootVue的房屋中介系统(源代码数据库14000字论文)064 一、系统介绍本项目前后端分离本系统分为管理员、用户、中介经纪人三种角色用户角色包含以下功能： 登录、注册、个人信息修改、密码修改、房屋查看、经纪人联系中介经纪人角色包含以下功能&…

开拓全球市场：国内企业如何通过TikTok直播开创品牌新篇章

在当今全球化的商业环境中，许多国内企业渴望将自己的品牌推向海外市场。然而，进军海外市场并不容易，尤其是对于那些缺乏国际推广经验的品牌来说。然而，随着社交媒体的兴起，一种新的推广方式正在引起关注，那…

软件测试方法

软件测试是在软件投入生产性运行之前，对软件需求分析、设计规格说明和编码的最终复审，是软件质量控制的关键步骤。软件开发过程是一个自顶向下、逐步细化的过程，而测试过程则是依相反的顺序安排的自底向上、逐步集成的过程。一、白盒测试…

【工厂模式与抽象工厂】—— 每天一点小知识

💧 工厂模式与抽象工厂 \color{#FF1493}{工厂模式与抽象工厂} 工厂模式与抽象工厂💧 🌷 仰望天空，妳我亦是行人.✨ 🦄 个人主页——微风撞见云的博客🎐 🐳 《数据结构与算法》专栏的文…

数据库｜TiDB多副本损坏，别着急！有损恢复帮你化险为夷！

高文锋 |后端开发工程师目录一、前言二、TiDB数据库的存储架构三、集群信息 （一）Store情况 （二）测试表db 1.sbtest 1的region分布情况 （三）模拟tikv出现故障 （四）有损不…

vue【过滤器】

目录 1：过滤器的基本语法 1.1：示例代码 1.2：注意事项 2：使用Vue.filter定义全局过滤器 2.1：私有过滤器 2.2：全局过滤器 3：使用全局过滤器格式化时间 3.1：处理如图的时间 3.…

接口测试异常场景耗时耗力？一文帮你解决

背景随着前后端分离、微服务等技术的广泛应用，接口测试在整个测试过程中扮演的角色越来越重要，如何更加高效地把接口测好、测得更加充分就成了一个亟待解决的难题。当前在对具体的某一接口进行测试时，普遍采取的方法是测试人员按照接口文…

Vue3使用Markdown编辑器并显示

安装markdown-it npm i kangc/v-md-editornext -S 在main.js中全局注册 import { createApp } from vueimport VueMarkdownEditor from kangc/v-md-editor; import kangc/v-md-editor/lib/style/base-editor.css; import vuepressTheme from kangc/v-md-editor/lib/theme/vu…

null 类对象

这篇文章有助于理解类与对象。类是一种类型，而对象则是一种类型的具体的东西了，即对象是要分配内存的。下面看一下很简单的例子 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <memory>class CTest { public:CTest(): mValue(100…

Axure教程—表格新增（中继器）

本文介绍的是用Axure中的中继器制作表格新增功能效果效果预览地址：https://ure09q.axshare.com 功能用户点击“新增”出现表单，填写数据后保存数据。制作一、所需元件矩形元件、中继器二、制作过程 1、表格拖入一个表格元件，表格…

go-zero的路由机制解析

构建web服务参考官方教程go-zero安装 //安装goctl插件 go install github.com/zeromicro/go-zero/tools/goctllatest//加载go-zero依赖 go get -u github.com/zeromicro/go-zerolatestzero构建一个http服务器，基于goctl命令创建： goctl api new demo…

Redis 7 常用数据结构

10大数据结构图示 10大数据类型： redis字符串(String)redis列表(ist)redis哈希表(Hash)redis集合(Set)redis有序集合(ZSet)redis地理空间(GEO)redis基数统计(HyperLogLog)redis位图(bitmap)redis位域(bitfield)redis流(Stream) Redis键(key) 命令不区分大小写&am…

Burp代理单个站点

这里写自定义目录标题 Burp代理问题解决代理单个站点（核心） Burp代理问题平时进行渗透的时候为浏览器挂上代理后往往全部站点都进行代理，有很多没用的包被抓到，影响测试，且和在burp上设置单个站点抓包比较麻烦。解…

picard的安装

1.流程

2.下载并安装

相关文章