1、InnoDB支持事务，MyISAM不支持；
2、InnoDB支持外键，MyISAM不支持；
3、InnoDB是簇索引，MyISAM是非簇索引；
4、Innodb不支持fulltext全文索引，MyISAM支持；
5、InnoDB支持到行级锁，MyISAM仅支持表级锁；
6、InnoDB表唯一索引必选，Myisam可以选；
7、存储文件不同，Myisam这棵树的叶子结点存储数据是物理地址，InnoDB的叶子结点直接存储数据记录，这也是簇索引与非簇索引的区别。
8、MyISAM存储结构相对简单，易于恢复，备份覆盖即可。若程序写少读多，对原子性要求不高，MyISAM是最优选择。
9、若大量写入作为核心业务，InnoDB是最优选择。InnoDB最恼人的是ibdata1只能增大，无法缩小，只能全部备份、删除ibdata，然后全部恢复，相当于重新迁移数据库了。这点不如微软的SQL Server，可以随时压缩清空日志到1MB。
多年的实际工程体验中，MySQL数据量达到百万以后，如果没有设计好分库分表分区索引，PHP+MySQL分页就是一个梗。而SQL Serve在千万级以上，C#+存储过程，分页秒开，当然这其中也有C#的功劳，毕竟编译型语言执行效率要高于解释性语言。从备份＆还原来看，后者易于前者，备份还原，或复制附加数据，非常简单。
总是选择MySQL是因为这货人缘好，Windows、Unix、Linux 和 Mac OS通吃，易于跨平台移植。而SQL Server在非Windows之外的系统上运行，需要繁琐的安装工作。
