大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。
我建议用liftOver软件进行处理，并许诺写篇博客介绍一下。
还有小伙伴想把1.2的参考基因组，变为3.1的，问我如何处理，我还是建议用liftOver，在线网站也可以解决，但是本地编程更快一些。
1. 不同基因组转换对应关系原理
每一次参考基因组的更新，位置信息会有所变化，有些是插入了一些，有些是平移，有些是没有改变。
但是，每一个版本的参考基因组，都有对应的关系，如果我们根据对应的关系，就可以把旧版本的更新到新版本的位置。
应用领域：不同参考基因组call snp的vcf数据，可以通过这种方式转换为同一基因组版本，然后合并。有些芯片设计时是不同的基因组版本，也可以通过这种形式，进行转换，然后合并。
2. liftOver软件下载
网址：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/
有苹果系统和Linux系统，这里以Linux系统为例进行介绍。
3. 查找物种的基因组版本
网址：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html
常见的物种都有：
比如猪的版本有：
- V11
- V10
- V9
鸡的有：
- V6
- V5
- V4
牛的有：
- V9，V8，V7
人的有：
- hg38
- hg19
- mm39
- mm10
4. 下载不同版本的liftOver数据文件
比如，这里以鸡为例子，进入网站：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/galGal6/liftOver/
这里有V6变为V5，V6变为V4:，我们想把V6变为V5，可以下载：
当然，也可以V5变为V6，V4变为V6，只需要下载对应的chain文件即可：
注意，下载的gz文件，不要解压缩。保持压缩状态
5. 整理位置信息
我们以plink数据为例，我们想把v5版的map变为v6版的map，首先将map数据变为bed的格式：
将位置信息整理为bed文件，可以根据map进行整理，染色体，开始位置，结束位置，没有行头。
只接受BED格式文件，BED格式文件只定义前三列：chr start end，无表头
注：end不等于start（如果是单位点的话，建议所有end = start+1）
转换代码：
sed 's/\s\+/ /g' new_v3.map >t1.map
awk '{print "chr"$1,$4,$4+1}' t1.map >tt.bed
6. 运行liftOver命令行转换
liftOver的语法为：
liftOver <输入文件> <chain文件> <输出文件> <unmapped文件>
示例代码：
将bed的V6版本，变为V5版本：
liftOver tt.bed galGal6ToGalGal5.over.chain.gz re_map.bed re_un_map.bed
- 第一个参数，tt.bed，就是bed文件，根据map生成的bed文件
- 第二个参数，是根据liftOver网站，下载的压缩文件，是对应关系，网址：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/galGal5/liftOver/
- 第三个参数，是输出的结果文件
- 第四个参数，是没有匹配的结果文件
结果会输出成功转换的位点，和没有转换的位点。
为了方便我们后续使用，可以先运行一遍代码，将没有转换成功的位点删掉，然后再转换，这样就是一一对应的了。
有任何使用的问题，可以到关注公众号答疑。
