【Python】读取r语言数据+NMF算法（完整代码+详细注释）

news2024/11/13 16:19:44

依赖库

import numpy as np
import torch
import random
import matplotlib.pyplot as plt

import pyreadr
import pandas as pd

代码功能

导入r语言radata数据
通过修改切片选择数据区域，得到待分解的X矩阵
调用nmf函数时传入r, maxiter, minError

# 封装好的NMF算法
# X 传入的要被分解的矩阵
# r U V 的维度
# maxiter 最大迭代次数
# minError 迭代损失
def nmf(X, r, maxiter, minError):

数据持久化保存
绘制损失图

完整代码

# @Time    : 2023/4/19 8:19
# @Author  : 南黎
# @FileName: 基于pyreadr读入r语言数据转为csv数据.py

import numpy as np
import torch
import random
import matplotlib.pyplot as plt


# 封装好的NMF算法
# X 传入的要被分解的矩阵
# r U V 的维度
# maxiter 最大迭代次数
# minError 迭代损失
def nmf(X, r, maxiter, minError):
    # X=U*V'
    row, col = X.shape
    U = np.around(np.array(np.random.rand(row, r)), 5)#随机生成的U矩阵 服从“0~1”均匀分布的随机样本值。随机样本取值范围是[0,1)
    V = np.around(np.array(np.random.rand(col, r)), 5)#随机生成的V矩阵 服从“0~1”均匀分布的随机样本值。随机样本取值范围是[0,1)
    obj = []
    # 通过迭代
    for iter in range(maxiter):
        print('-----------------------------')
        print('开始第', iter, '次迭代')
        # update U
        XV = np.dot(X, V)# np.dot(a ,b), 其中a和b都是二维矩阵，此时dot就是进行的矩阵乘法运算
        UVV = np.dot(U, np.dot(V.T, V))
        U = (U * (XV / np.maximum(UVV, 1e-10)))
        # update V
        XU = np.dot(X.T, U)
        VUU = np.dot(V, np.dot(V.T, V))
        V = (V * (XU / np.maximum(VUU, 1e-10)))
        d = np.diag(1 / np.maximum(np.sqrt(np.sum(V * V, 0)), 1e-10))
        V = np.dot(V, d)

        temp = X - np.dot(U, np.transpose(V))#计算损失
        error = np.sum(temp * temp)#损失和
        print('error:', error)
        print('第', iter, '次迭代结束')
        obj.append(error)
        if error < minError:
            break

    return U, V, obj


import pyreadr
import pandas as pd
in_file_path="TCGA_BRCA_expr_raw.RData"#输入文件名
datas = pyreadr.read_r(in_file_path)
#print(type(datas))# <class 'collections.OrderedDict'>
# print(datas.keys()) #输出数据名 odict_keys(['BRCA.expr']) 本文的数据只有 BRCA.expr 有些文件可能是一个列表 有多个数据项
df = datas["BRCA.expr"] # 根据数据名得到数据，数据类型是 <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
# print(type(df))# <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
# print(df) #打印数据展示

# #展示列名
# col_names = df.columns
# print("展示列名\n",col_names)
#
# #展示行名
# index_names = df.index
# print("展示行名\n",index_names)

# # 取前面X行数据
# test_df=df.head(10)#取前面10行数据
# print("取前面10行数据\n",test_df)#取前面10行数据

# # df.iloc方法按照切片取指定X行数据
# # 注意：pandas的1.0.0版本后，已经对ix函数进行了升级和重构。   老版本这里不是df.iloc而是df.ix
# # 现在都是新版本了，如果你看到 df.ix这种操作也不要惊讶


#设置要分解矩阵的大小
test_df=df.iloc[0:20, 0:50]  # 使用 iloc 函数 ，切片类似matlab  取得第0-20行，第0-50列 （左闭右开）
print("df.iloc方法按照切片取指定X行数据\n",test_df)#取指定X行数据   [5 rows x 1222 columns]

test_df=test_df.values# [20 rows x 50 columns]
print(type(test_df)) # <class 'numpy.ndarray'>

X = np.array(np.abs(test_df))    #  确保非负
print("X shape\n", X.shape)# (20, 50)
# print('X:',X)#初始待分解的矩阵

U, V, obj = nmf(X, 2, 100, 0.01)#要分解的矩阵X； U, V的另一个维度 为2； 迭代次数100次  ；迭代损失0.01；
print("U\n",U)#     # X=U*V'
print("U shape\n", U.shape)#(20, 2)
out_file_path="U.csv"
print("开始转化"+out_file_path)
pd.DataFrame(U).to_csv(out_file_path)
print("转化完成"+out_file_path)#这个转化过程比较久，没有出现输出转化完成之前不要动文件，可能因为文件的只读导致文件损坏！！

V=V.T
print("V\n",V)#     # X=U*V'   V矩阵好像是要转置的（如果我的数学没有错的话，这里大家审查一下，哈哈）
print("V shape\n", V.shape)# (50, 2)
out_file_path="V.csv"
print("开始转化"+out_file_path)
pd.DataFrame(V).to_csv(out_file_path)
print("转化完成"+out_file_path)#这个转化过程比较久，没有出现输出转化完成之前不要动文件，可能因为文件的只读导致文件损坏！！


x = range(len(obj))
# 绘图部分 随着迭代次数损失降低曲线
plt.plot(x, obj)
plt.show()