TCGA 编码格式解读 | 怎么区分是不是肿瘤样品?

news2024/11/30 11:34:06

最权威参考资料

在这里插入图片描述

  • https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/TCGA_Barcode/

"-"分割符的第四位是Sample type:

  • Tumor types range from 01 - 09,
  • normal types from 10 - 19
  • and control samples from 20 - 29.

See Code Tables Report for a complete list of sample codes

  • https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes

编码举例 TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01

TCGA命名每个字段的意义,如下:

Project-TSS-Participant-Sample&Vial-Portion&Analyte-Plate-Center

	TCGA:Project 项目名称
	02:TSS 组织来源代码
	0001:Participant 科研参与者
	01:Sample 样本类型
	C:Vial 样本序列中样本的阶数
	01:Portion 顺序中部分的次序
	D:Analyte
	0182:Plate 顺序中的板的顺序
	01:Center 测序鉴定

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