如何鉴定一段抗体序列的CDR区(CDR1、CDR2、CDR3)

news2024/11/25 22:29:30

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 


如果有一批的抗体序列,可按下面的步骤来处理:

(1)可以先处理为fasta的格式(或者不处理手动粘贴)

>20B11

NIVLTQSPASLAVSLGQRATISCKASQSVDYDGDSYMNWYQQKPGQPPKLLIYAASNLESGIPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDAATYYCQQSNEDPWTFGGGTKLEIK

(2)这里有3种方法:

方法一:NovoPro方法;特点是:一次输入一条蛋白序列;优点是很简洁的告诉我们CDR1&CDR2&CDR3的位置和序列信息,其中参考信息数据库推荐选:IMGT数据库

网址:抗体可变区CDR标注 - 在线工具 - 纽普生物 - NovoPro

方法二:IMGT分区(IMGT/V-QUEST);它需要先拥有一个账号

方法三:NCBI的Ig blast;特点:它的datainput是输入DNA序列

(3)将信息统一整理到Excel表格中:

做成不同的列:Cd3_aa & Cd2_aa & Cd1_aa

(4)进行聚类的分析

【Reference】其间参考了这位博主的方法:

抗体分区 (zhihu.com)


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