游戏里我们一开始就出现一个很可爱的小和尚，当脚步声传来，小和尚化身为一尊弥勒佛，而这尊弥勒佛的大小和位置都在说，这里没有弥勒佛的位置。
随后天命人进入一片雪地，遇到了赤尻马猴，打跑赤尻马猴，在一片冰原上有一座小庙，仿佛当年孙悟空和二郎神斗法时变成的小庙，在这里遇到另一个穿着黄色衣服的弥勒佛，这自然就是黄眉。
黄眉声称大圣根器就在庙中，有本事来拿，随后他说让我徒弟来测试下你的能力，于是就有了冰上大战亢金龙的boss战，打完亢金龙，冰面碎裂，天命人掉入水中，画面一黑，等我们醒来，发现进入了一个叫浮屠界的地方。
虽然打败了亢金龙，但黄眉法力还是高强，他这个浮屠界，专为不服从他的人而造，美其名曰在塔中修行，实则是给人洗脑，堪称传销鼻祖。
这浮屠界其实是个巨大的陷坑，牢房沿四周山壁而建，中有一座巨大的经幢，似天外来物，直插地心，这经幢每隔一段时间会开始转动，随之则魔音四起，天地失色，扰人心智。与此同时，牢房四周凭空出现几个长着巨大灯笼头，似是守卫的妖怪，而我们的血量上限也会随着经幢转动而减少。必须采取行动，在无数次的被偷袭，从楼梯摔死，不断迷路之后，终于来到了浮屠界守关boss，魔将妙音这里。
打败妙音之后，我们顺利离开浮屠界，重又进入雪原。一番波折后，见一着红紫衣衫的女子在巨大金铙前和某人对话，原来是老熟人亢金星君，又一番激战，打败亢金龙，撞翻金铙，救出八戒。随后发现这巨大的岛竟是一只巨龟，巨龟驮着我们过了苦海，一路上遇妖杀妖，遇佛杀佛，终于来到了小雷音寺。
在打败一众魔将和僧众后，终于来到大雄宝殿，和黄眉展开大战，看哪黄眉，从小弥勒状态摇身一变，一身黄袍，腰间系着粗绳，背后绑着巨大功德轮，若不细看，便如那修成正果的菩萨，佛光普照，再一看，其满脸络腮，怒目圆睁，手持狼牙棒，可长可短，可棒可鞭，挥舞起来闪电四射，火花四溅。
一番战斗后，看天命人依然顽抗，黄眉便祭出人种袋，来了个袋里乾坤，结果在袋中发现八戒和赤尻马猴打得正酣，这二打一的局面怎能错过，就在我们打斗之时，还能看到黄眉的大脸，他还不断说着，杀，杀，杀。
在这一遍遍喊杀声中，天命人也就此迷失，我们杀了赤尻马猴，我们也就成了赤尻马猴，黄眉还说他有三千弟子，让我们想杀多少就杀多少，于是在一个微缩悬空寺里，我们在黄眉的注视下，从山上杀到楼底，终于再次直面黄眉，经过一番激战，打败黄眉，不甘失败的黄眉冲出殿外，不想我们这一路奔波，门外竟然是冰面上的那座小庙，终点原来就在起点，轮回就是这么一回事。
不甘失败的黄眉还想再次炼化大圣根器，不想跌入水中，当天命人想继续追杀的时候，弥勒佛适时出现，借用八戒的钉耙化为一柄鱼竿，钓上一条有十条尾巴，山海经中记载的何罗鱼，原来这就是大圣根器鼻嗅爱，至此，第三章主线完成。
游戏对原著的考据和借鉴
主线剧情就是这样，但这不过是海面上的冰山，熟悉西游记的朋友会发现，这里面取材自原著的地方太多了，让我们一点点来抽丝剥茧。
小西天开头遇到的守门boss就是赤尻马猴，原著里真假猴王里，借如来之口，说这世上有“混世四猴”，不在五仙五虫之列，卡了世界的bug，这四猴分别是，灵明石猴、赤尻马猴、通臂猿猴以及六耳猕猴，前三个都产自花果山。
自大圣死后，花果山的猴子没了庇护，这赤尻马猴也带领一群部下寻找新的山头，本想在火焰山安家，不料闹了瘟疫，这赤尻马猴不顾同伴死活，将得病的猴子扔下山去，失了猴心，赤尻马猴也成了孤家寡人，终于流落到小西天。
凡来小西天，必须经过黄眉的洗礼，黄眉对赤尻马猴说：
“这世界，弱者多被苛责非难，强者却可横行无忌。你受的那些苦，归根究底，皆是力量不够。你不妨想想，若你有那闹天宫的猴子一般本事，吃苦的，就该是旁人了。”
要不说黄眉是大师呢，赤尻马猴听了这番理论自然是醍醐灌顶，进而双膝一软，拜将下去。
再来看看亢金龙，这是游戏里出现的第一个女性角色，第一次是以白龙形态出场，第二次则是在金铙前面劝降八戒，两人还说着俏皮话。
在亢金星君的影神图里，黄眉让她进入人种袋。“吸入袋子的瞬间，她依稀看到袋中有只十尾金鱼，朝自己游来。”
出来后，亢金龙的态度便发生180度的转变，那么她在袋子里看到了什么呢？
这要说到《西游记》原著，通天河灵感大王那回，陈家庄祭祀灵感大王，保佑风调雨顺，可每年要进贡童男童女一对，正好师徒四人路过，于是悟空和八戒假扮童男童女除妖。这两小孩名字可有讲究，书中虽说男的是拜了关老爷，女的因为铺桥修路，花了三十斤黄金，所以男的叫陈关保，女的叫一秤金，可其实都是隐喻，灵感大王是金鱼，又给陈家庄“施甘雨，落庆云“，正所谓享鱼水之欢，行云雨之事。
正如黄眉说的，不纵欲，诸行了无生趣，可过得了心理关，身体可吃不消，所以古代有一味药，叫“秤金丹”，其功效“添精益髓，保元种子”，也就是“保关”。所以灵感大王要吃童男童女就是这个道理。
亢金龙还问，他与漫天神佛，皆是如此？黄眉耍了个小聪明，不置可否，让你自己理解。至于亢金龙看到了什么？：
世人都晓神仙好，惟有功名忘不了！
黄眉不过是添油加醋给她看了幻想。
神仙难道就不能塌房吗？有时候思想越坚定的人，一旦崩塌，改变也来得更彻底。所以原来一本正经的亢金星君可以坦然和八戒谈俏皮话。
说到通天河，其实第三章剧情是把小西天和通天河糅杂在一起，因为过了亢金龙，我们就发现这岛原来是一只巨龟，你很容易联想到，这是通天河的巨龟，而这只巨龟则是原著小西天，孙悟空去武当山求助真武大帝，这真武大帝便派了龟蛇二将，也就是玄武，以及五大神龙相助。
在游戏剧情里，黄眉把当年和他有仇的神仙都骗到小西天，他派无量蝠和鼻嗅爱与龟蛇二将打斗，同时用了灵感大王的那招冰冻，因为龟蛇都有冬眠的习性，所以斩杀了蛇将，困住龟将。
而另一批被黄眉诱骗到小西天的，则是原著里孙悟空去国师王菩萨那里搬的救兵，小张太子和四大神将，小张太子和黄眉遇见，有一段唱词：
祖居西土流沙国，我父原为沙国王。
自幼一身多疾苦，命干华盖恶星妨。
因师远慕长生诀，有分相逢舍药方。
半粒丹砂祛病退，愿从修行不为王。
学成不老同天寿，容颜永似少年郎。
也曾赶赴龙华会，也曾腾云到佛堂。
捉雾拿风收水怪，擒龙伏虎镇山场。
抚民高立浮屠塔，静海深明舍利光。
楮白枪尖能缚怪，淡缁衣袖把妖降。
如今静乐蠙城内，大地扬名说小张！
这就是本章隐藏剧情，浮屠界的小张太子，他被关在浮屠塔里，手下四大神将被黄眉改造，成了四大魔将，小张太子刺瞎了眼睛，戳聋了耳朵，才避免被黄眉蛊惑，可从此，也就成了等死的废人。
而原著里，黄眉第一次遇到小张太子，听见小张太子的自述，就呛了他一句：
“那太子，你舍了国家，从那国师王菩萨，修的是甚么长生不老之术？”
回到游戏，因为这段对话，就有了沙国王父子，有了流沙国，而黄眉特地给小张太子造了浮屠塔，你不是要修长生吗，那就来吧。
黄眉很记仇，锱铢必较，对龟蛇，对小张太子和四将，皆是如此。所谓，不杀生，仇恨永无止息。
被关在浮屠塔里的小张太子最后还一直在念叨师父，可他的师父为什么不来救他？
其实不止他，龟蛇二将的主人真武大帝也没来救他们，其实当年他们都找借口不自己出面，而是让手下去，原因真武大帝说了：
“只是上界无有旨意，不敢擅动干戈。假若法遣众神，又恐玉帝见罪。”
想想泾河龙王，只是没按时下雨，就遭了灭门的罪，连累四渎龙神背井离乡。这没有调令，擅自调兵，你想想，这和安禄山有什么区别？而黄眉为什么能随意杀伐，因为剿灭孙悟空是有旨意的，黄眉是灵山的白手套，白手套也是需要好处的。
而黄眉早就看穿诸天的种种，所以他说：六道众生，谁无杀心，何况天也杀人，地也杀人。
这就是老子说的，天地不仁，以万物为刍狗，圣人不仁，以百姓为刍狗。
刍狗是什么，就是祭祀时用稻草扎的狗，苏辙在《老子解》里说，在祭祀的时候刍狗被人们恭恭敬敬地供奉着，难道是人们敬爱它吗？祭祀结束之后，刍狗就被随意丢弃了，难道是人们讨厌它吗？只是这个时候就该这么做而已。
当年龟蛇二将，小张太子为什么没事，因为他们出现在西天取经这个任务中，现在为什么被屠杀，因为不是时候罢了。他们是修成正果的神，是长生不老的仙，可那又怎么样？大家不过都是刍狗而已。
而在去小雷音寺的路上，我们会遇到许多奇怪的僧人，其中有几个名字特别奇怪，分别是不空，不能，不净，还有不白。原来黄眉已经准备好了自己的取经队伍，甚至连白龙马都准备了。
这几个也完全是按照师徒几个反着来，不白很疯癫，不甘当配角；不净非常懒，信条就是不主动，不拒绝，不负责；不能，对武道很执着，三观正，不妥协；不空，就是第二章CG里的那个书生，口中念着佛经，心中从没放下。
这里有条隐藏线，路上我们也会碰到小狐狸，可以化身小狐狸去找不空盘盘道。关于不空为什么要杀狐狸，这其实来自两个典故。
第一个来自《太平广记》，晋惠帝时，在燕昭王墓前，有一只修炼千年，能幻化为人形的狐狸，狐狸问墓前华表，说以我的才华，可否得见张司空。这张司空就是张华，当时文坛领袖。这华表说，你才华的确高，但见张司空恐怕不但要受辱，还要连累我。
狐狸不信，跑去见张华，张华倒也招待他，相谈良久，这狐狸的学识，才华让张华都自叹不如，结果张华冒出一句，天下岂有此年少，你不是鬼怪，就是狐狸。于是便找了条狗来，要狐狸现原形，可这书生根本不在乎。张华有个手下叫雷焕，说狗只能辨别百年的狐狸，而如果用千年的木头来烧，就可以照出千年狐狸的原型，这下，华表也就一起倒了霉。
这个故事里，狐狸虽然是妖，但没做什么坏事，还一心只读圣贤书，为什么这样的狐狸要被杀呢？
其实道理很简单，非我族类，其心必异。这就是不空杀了小狐狸，灵吉画外音说的，众生自有根器，持优劣为次第，乱来不得。
第二个典故来自禅宗公案，南泉斩猫。
说有位南泉高僧，一日禅堂发生争执，原来是东西两堂在抢一只猫的归属，猫，谁不爱呢，众人看南泉来了，便等候裁决。南泉说了句，如果你们说得出，今天这猫就能活，如果说不出，这猫就得死。众人都惊了，这都什么跟什么。南泉见无人回答，于是一刀斩猫。
等晚上，他的弟子赵州回来，听说这件事，于是把鞋子放在头顶，转身就走。南泉感叹道，假如白天你在的话，猫就能活了。
这个公案很有名，因为金阁寺很美，所以书中主角就把金阁寺一把火烧了。
这叫斩断“我执”，金阁寺和猫都是美的化身，都是执念，狐狸对不空来说也是一种美的化身，而既然不空做了那个梦，狐狸也就成了执念，所以要杀死狐狸。而只有赵州没有执着于猫，而是把很脏的鞋子放在干净的头顶，无视南泉和猫，这就是放下执着。但很显然，不空绝对没有放下。
如果不空可以承认，自己杀生就是因为非我族类，其心必异，或者说，我要打破我的执念，这都是一句话。但不空在和不能辩经中却说，“我不入地狱，谁入地狱。若不杀，便是为旁人遗留祸害，岂非更是缺了福德。”这就是虚伪，说着大道理，其实是为自己开脱。于是被不能一句话就驳倒。
