百万次使用的高颜值在线绘图平台ImageGP系列教程

news2024/11/24 16:31:18

在线平台BIC (https://www.bic.ac.cn/BIC/#/, 点击阅读原文或百度搜索皆可访问到)是 ImageGP的重构升级版,重构于2020年初。

该平台采用配置文件快速部署工具、生成结果或结果报告。其绘图和分析基于 R 语言(ImageGP 包, 在早期ImageGP脚本的基础上重新进行了封装, GitHub, Gitee)、Python 语言。

累积使用 70 万余次(15 分钟内的多次使用只算作 1 次计数22062d0c75d32c4f0962c4177dc4f06f.png),引用千次!

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左侧导航目前包括:1. Professional plots in seconds; 2. Data transform and extraction; 3. Bioinformatics analysis; 4. Interactive visualization; 5. Resource.

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1.1 功能部分

1.1.1 Professional plots in seconds

目前支持 16 种基本图形,包括热图、箱线图、富集分析泡泡图、柱状图、火山图、PcOA 分析、Venn 图、直方图、线图等。每种图根据复杂度不同,有数目不一的可调节参数,可组合出很多复合图形。

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1.1.2 Data transform and extraction

常见数据格式转换,如宽矩阵转长矩阵、长矩阵转宽矩阵、合并矩阵、矩阵膨胀等功能。

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1.1.3 Bioinformatics analysis

生物信息分析部分包括常见的分析工具如 WGCNA共表达网络分析、LEfSe 特征物种鉴定、Limma 差异基因/物种分析、多序列比对、FASTA 处理、RNA 翻译、正则匹配和空间关系等工具,更多工具也在不断完善中。

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1.1.4 Interactive view

这是最近尝试的基于 D3.js 的交互式图系列,目前只有进化树展示和多序列比对展示,后面会陆续更新更多交互式图。

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1.1.5 Text and video tutorial

这里包括网站使用帮助、常用教程、经典书籍、网址导航等内容,正在陆续更新中。

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Send error logs 再升级,提示信息更明显。遇到报错时直接点击按钮,发送错误信息,我们会对接处理。

(最开始按钮上提示文字是 Send error log,有的用户出错了也不知道点,也有的用户问点了会做什么。想了一下,确实没表达清楚意思,没把自己的完整意思都说出来,直说要发,没说发了之后做什么。这也是常见问题,说话留一半,以后在开发工具时需要注意。)

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  • 分享高颜值免费在线绘图介绍和使用的一次视频直播

  • 视频演示 | 如何解读和在线绘制进化树并添加属性注释?

  • 视频演示 | WGCNA加权共表达分析在线操作

  • 视频演示 | ImageGP重新绘制WGCNA性状关联热图

  • 视频演示 | 在线差异基因/物种分析

  • 视频演示 | 画个火山图,标记下基因的名字

  • 视频演示 | BIC无代码绘制差异基因火山图

  • 视频演示 |点点鼠标在线绘制GO/KEGG富集分析泡泡图

  • 视频演示 | Meta-gene图谱在线绘制

  • 视频演示 | 高颜值免费在线绘图工具功能预览和帮助预览

  • 视频演示 | 在线轻松绘制配对连线箱线图

  • 简单强大的在线绘图

  • 简单强大的在线绘图-升级版

  • 简单强大的在线绘图-第3版

  • 在线WGCNA分析 (直接出交互式结果报告)

  • 在线差异基因分析 (支持自动和指定批次校正)

  • 这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图

  • 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

  • ImageGP新上几个小工具

  • 如何保证文章中同一组样品在不同子图颜色一致?

  • 推荐一款生信分析工具的集大成者

  • 视频演示 | 功能新增 | 增强版在线LEFSe分析和可视化鉴定标志性基因或物种

  • Venn网络展示富集分析结果

  • 单个基因集富集分析泡泡图绘制

  • 多个基因集富集结果泡泡图绘制展示

  • 无代码调整聚类热图分支顺序

  • 基因表达热图聚类并增加行列注释

  • 热图绘制一个快乐五一

  • 轻轻松松画个热图

  • 续昨天的文章,在火山图标记基因名字

  • 画个火山图,标记下基因的名字

  • 无代码绘制基因表达箱线图

  • 什么是倾斜45度的火山图?

  • 在线直接绘制倾斜45度的“火山图”

  • 在线进行 PCoA 分析和相关统计检验

  • 视频 | 高颜值免费在线绘图工具ImageGP 整体介绍 (新网址启用)

  • ImageGP 报错一键解决

  • 有问题加群讨论-高颜值免费在线SCI绘图工具ImageGP

  • ImageGP 高颜值免费绘图工具增加工具使用记录和重分析功能

  • ImageGP | 轻松绘制多种柱状图

  • ImageGP重新绘制WGCNA性状关联热图

最全植物基因组数据库IMP (点击图片直达)

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往期精品(点击图片直达文字对应教程)

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机器学习

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