在线平台BIC (https://www.bic.ac.cn/BIC/#/, 点击阅读原文或百度搜索皆可访问到)是 ImageGP的重构升级版,重构于2020年初。
该平台采用配置文件快速部署工具、生成结果或结果报告。其绘图和分析基于 R 语言(ImageGP 包, 在早期ImageGP脚本的基础上重新进行了封装, GitHub, Gitee)、Python 语言。
累积使用 70 万余次(15 分钟内的多次使用只算作 1 次计数),引用千次!
左侧导航目前包括:1. Professional plots in seconds; 2. Data transform and extraction; 3. Bioinformatics analysis; 4. Interactive visualization; 5. Resource.
1.1 功能部分
1.1.1 Professional plots in seconds
目前支持 16 种基本图形,包括热图、箱线图、富集分析泡泡图、柱状图、火山图、PcOA 分析、Venn 图、直方图、线图等。每种图根据复杂度不同,有数目不一的可调节参数,可组合出很多复合图形。
1.1.2 Data transform and extraction
常见数据格式转换,如宽矩阵转长矩阵、长矩阵转宽矩阵、合并矩阵、矩阵膨胀等功能。
1.1.3 Bioinformatics analysis
生物信息分析部分包括常见的分析工具如 WGCNA共表达网络分析、LEfSe 特征物种鉴定、Limma 差异基因/物种分析、多序列比对、FASTA 处理、RNA 翻译、正则匹配和空间关系等工具,更多工具也在不断完善中。
1.1.4 Interactive view
这是最近尝试的基于 D3.js 的交互式图系列,目前只有进化树展示和多序列比对展示,后面会陆续更新更多交互式图。
1.1.5 Text and video tutorial
这里包括网站使用帮助、常用教程、经典书籍、网址导航等内容,正在陆续更新中。
Send error logs 再升级,提示信息更明显。遇到报错时直接点击按钮,发送错误信息,我们会对接处理。
(最开始按钮上提示文字是 Send error log,有的用户出错了也不知道点,也有的用户问点了会做什么。想了一下,确实没表达清楚意思,没把自己的完整意思都说出来,直说要发,没说发了之后做什么。这也是常见问题,说话留一半,以后在开发工具时需要注意。)
分享高颜值免费在线绘图介绍和使用的一次视频直播
视频演示 | 如何解读和在线绘制进化树并添加属性注释?
视频演示 | WGCNA加权共表达分析在线操作
视频演示 | ImageGP重新绘制WGCNA性状关联热图
视频演示 | 在线差异基因/物种分析
视频演示 | 画个火山图,标记下基因的名字
视频演示 | BIC无代码绘制差异基因火山图
视频演示 |点点鼠标在线绘制GO/KEGG富集分析泡泡图
视频演示 | Meta-gene图谱在线绘制
视频演示 | 高颜值免费在线绘图工具功能预览和帮助预览
视频演示 | 在线轻松绘制配对连线箱线图
简单强大的在线绘图
简单强大的在线绘图-升级版
简单强大的在线绘图-第3版
在线WGCNA分析 (直接出交互式结果报告)
在线差异基因分析 (支持自动和指定批次校正)
这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图
高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能
ImageGP新上几个小工具
如何保证文章中同一组样品在不同子图颜色一致?
推荐一款生信分析工具的集大成者
视频演示 | 功能新增 | 增强版在线LEFSe分析和可视化鉴定标志性基因或物种
Venn网络展示富集分析结果
单个基因集富集分析泡泡图绘制
多个基因集富集结果泡泡图绘制展示
无代码调整聚类热图分支顺序
基因表达热图聚类并增加行列注释
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续昨天的文章,在火山图标记基因名字
画个火山图,标记下基因的名字
无代码绘制基因表达箱线图
什么是倾斜45度的火山图?
在线直接绘制倾斜45度的“火山图”
在线进行 PCoA 分析和相关统计检验
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