写在开头,做了整整三年的多组学数据分析,各种模式动物、组织、细胞系的各种组学数据,该怎么串联成我的论文?就是我要开启深度学习小白模式了。
万种流程先从环境配置开始,先说说环境,其实当家的有多GPU超大集群,因为他们真在攻克图像识别,所有节点都是满的,把我打发到了一个小的服务器上干活(这个就是基本环境了,CentOS7,CPU 无图形化界面的一个老服务器)。
发现很多分享安装的宝宝都是有GPU的,而且一个conda啥的都能解决,大概是我的环境和一些镜像限制吧(我所在机构很多网站是访问不了的),就只能conda\pip,自备镜像下载流程分享如下:
1、conda创建专属的pytorch运行环境
conda create -n pytorch python=3.8
conda activate pytorch
2、torch下载安装,最新官网的pytorch已经到了1.13.XX,反正很新了,各位宝宝也可以自己登录官网检索查看:
Start Locally | PyTorch
其实官网还是很贴心的,只有CPU的各系统安装命令都给出了:
根据实际情况选择
我没有用官方命令是因为,我服务器真的很老,不清楚最新版能否顶得住。。。
tips:网传说1.8.1版本很坑,也有人说他们带有.1的版本都很坑,我也不太清楚,就安装了个最稳定的版本,我的命令:
conda install pytorch==1.8.0 torchvision==0.9.0 torchaudio==0.8.0 cudatoolkit=10.2 -c pytorch
这里头虽然都安装成功了,但是因为没有cuda,所以查看cuda版本是报错的
3、torch_geometric pip 本地安装
pytorch安装好了,还得进行 torch_geometric安装
对,网上很多conda安装,或者pip直接安装。。。我,,,都试了,完了都失败了,所以就只好自行下载whl文件,pip本地安装了。
Pytorch官方链接:https://pytorch-geometric.com/whl/
根据上面查询的版本进行对应链接
https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.8.0%2Bcpu.html
https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.8.0%2Bcpu.html
我的Python版本是3.8.1,下载自己对应Python、系统的whl文件:
下载下的文件列表(自己找个文件夹丢进去就好)
4、安装命令:
cd 到whl存放文件夹
pip install torch_cluster-1.5.9-cp38-cp38-linux_x86_64.whl
pip install torch_scatter-2.0.6-cp38-cp38-linux_x86_64.whl
pip install torch_sparse-0.6.10-cp38-cp38-linux_x86_64.whl
pip install torch_spline_conv-1.2.1-cp38-cp38-linux_x86_64.whl
pip install torch-geometric
至此。。。就安装好了,强调一遍,打算自己下载whl,就一定要下载对应python、对应系统对应版本的文件,否则根本安装不上,报错也很简单:
ERROR: torch_scatter-2.0.7-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl is not a supported wheel on this platform.
是的,我刚开始下载了python3.7的了