主要内容

“在分子动力学（MD）模拟中描述原子层面的结构信息是材料建模与模拟领域研究人员的一项必要任务。密度分布的可视化通常是结构表征中最重要的特性之一。可视化分子动力学（VMD）是一种广泛使用的分子可视化软件包，它不仅能可视化复杂的分子系统，还能通过集成特殊插件或运行内部生成的 TCL 脚本进行分析。然而，密度分析仍然不是 VMD 的内置功能。本研究提出了一种可用于 VMD 的灵活易用的 TCL 代码，它可以在给定系统的任何指定局部区域执行一维和二维密度计算。通过使用 VMD 的内置命令，该代码可以访问和处理主流仿真软件包（如 LAMMPS、GROMACS、NAMD 和 CHARMM 等）生成的 VMD 支持的任何格式的轨迹文件。这项工作详细介绍了计算方法、代码和用法，为用户的密度分析工作提供快速入门。”——取自文章摘要。

计算步骤：

• 1. 以指定的分辨率在 X、Y 和 Z 方向对相关区域进行切片；

• 2. 然后计算每个单元切片（或二维情况下的立方体）中的质量或原子数；

• 3. 如果有多个帧，则按帧数平均质量或原子数；

• 4. 最后，将每个单元中的密度除以切片体积得出密度。

Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure 4

Figure 5

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