生信人 RNA-seq

RNA-seq：6-qc-2

#先跑一个综合的 Multiqc 报告
#将fastqc生成的多个报告整合成一个报告，方便查看所有测序数据的质量。
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
cd /home/yinwen/RNA-seq_report/
multiqc .

用我们自己的DG数据分析一下:

① General Statistics:

在这里我们能看到各个样本的概况或基本信息

解读：

%Dups：Duplicate Reads Percent，重复reads的比例
%GC：Average %GC Content，平均GC含量百分比
M Seqs：Total Sequences，总测序量
Length：Average Sequence Length，平均序列长度
%Failed：Percentage of modules failed in FastQC report，报告中不合格数据的百分比

点击左侧的 Configure Columns 可以自定义展示列参数

② Sequence Counts

该部分对每个样本序列进行了计数，横坐标为总的reads数（和General Stats中的M seqs一致），纵坐标为不同样本。蓝色和黑色下方有标记。

③ Sequence Quality Histograms

此部分为reads中每个位置（从0到150bp）的平均质量值，横坐标为位置。X轴并不是均匀的；纵坐标为质量分数，计算公式为

所以当质量分数为40的时候，p就是0.0001。

图中绿色表示合格（通过），黄色代表（警告），红色则代表失败（不合格）。

图上所示DG的综合数据的质量分数在35%~40%之间，说明p值低，错误率低，质量好。

④ Per Sequence Quality Scores

该部分为reads次数和平均质量分数之间的关系，可以理解为reads质量的分布情况，当质量小于27时报“警告”，小于20时报“失败”。

由图中可以看出来：

峰值越靠右代表高质量的reads越多，数据也就越好，说明我们的DG数据质量好

⑤ Per Base Sequence Content

MultiQC：能很直观的看到哪些样本是“WARN”，哪些是“FAIL”。当把鼠标放到图上时，还能清楚的看到每一个位置碱基的分布情况。

FastQC：该部分展现了reads每一个位置的ATCG四种碱基的分布情况。

· 横轴为位置，纵轴为碱基含量，正常情况下每个位置每种碱基出现的概率是相近的，四条线应该平行且相近。当部分位置碱基的比例出现分歧时，即四条线在某些位置纷乱交织，往往提示我们有污染。当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%，报"WARN"；当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%，报"FAIL"。

分析：我们的DG的图前15bp，碱基频率有明显的差别，按道理说明有污染。但是，在大多数RNAseq文库制备方法中，前10-15bp碱基分布明显不均匀，这是正常的，具体取决于使用的文库试剂盒的类型。即使序列完全正确，这种碱基组成不均匀的数据也会被认为是不合格。

⑥ Per Sequence GC Content（用于评估污染）

该部分展现了reads的平均GC含量，我们能看到有12个“警告”。

上图的fastqc报告来自我们非常高质量的RNA-seq数据，但FastQC仍然认定为“警告”，因为它比理论曲线窄。这种情况非常正常，因此可以忽略警告。

⑦ Per Base N Content

该部分展现了不同样本不同位置N的比例。当测序仪器不能辨别某条reads的某个位置到底是什么碱基时，就会产生“N”正常情况下，N值非常小。当任意位置的N的比例超过5%，报"WARN"；当任意位置的N的比例超过20%，报"FAIL"。

⑧ Sequence Length Distribution

该部分为reads的长度分布，当reads长度不一致时报"WARN"；当有长度为0的reads时报“FAIL”。

⑨ Sequence Duplication Levels

MultiQC报告的结果 12个都为FAIL

该部分展现了不同拷贝数的reads的频率。横坐标是duplication的次数，纵坐标是Deduplicated reads的百分比，以unique reads的总数作为100%。

当非unique的reads占总数的比例大于20%时，报"WARN"；

当非unique的reads占总数的比例大于50%时，报"FAIL“。

扩展：通常有两种重复reads的来源，PCR重复即 biased PCR富集和真正高表达的序列。前者会错误的反映样本序列中的真实比例，后者是正常情况。测序深度越高，越容易产生一定程度的duplication；但如果duplication的程度很高，就提示我们可能有bias的存在。

接下来是过滤

①下载trim_galore

#查找自己已经建立的环境
conda info --envs
#进入python2的环境
conda activate py2env
#查看依赖的安装包是否下载好
cutadapt -h
fastqc -h

#下载trim-galore
conda install trim-galore

# 查看是否安装好
trim_galore --help

#我们回到报告中查看接头，截取一段
zcat DG5_1_R1.fq.gz |grep TTCTAAGTTCATCT

如上图，说明里面含有接头，这些序列是没有意义的，需要过滤

#先用视频里的trim_galore处理单个样本，跑完就是过滤好的数据了
fq1=/home/yinwen/biosoft/DNG_part/DG5_1_R1.fq.gz
fq2=/home/yinwen/biosoft/DNG_part/DG5_2_R1.fq.gz
trim_galore -q 25 --phred33 --length 75 -e 0.1 --stringence 3 --paired --fastqc -o /home/yinwen/clean/ $fq1 $fq2

这里发现跑出来的报告不对，接头还在，序列重复水平依很高，过滤失败。

观察模块的结果，为后续过滤，做好准备
观察后发现：

①5’端的碱基，剪掉18bp。

②3’端的碱基不需要修剪，质量很高。

③Adapt接头序列进行修剪。

④重复序列偏多，需要去除。

#修饰参数，5’端的碱基，剪掉18bp，接头内容正常了。
trim_galore -q 20 --phred33 --fastqc --stringency 3 --length 75 -e 0.1 --paired --dont_gzip --clip_R1 18 --clip_R2 18 --illumina -o ./ /home/yinwen/biosoft/DNG_part/DG5_1_R1.fq.gz /home/yinwen/biosoft/DNG_part/DG5_1_R2.fq.gz

#看一下重复序列
zcat DG5_1_R1.fq.gz |grep CCTCGTTCTCGGCGGCAGGAGCATCCACGACGACGGTGTCCATGGAGCGG

#还要继续用其他软件去除那个重复序列？？

#决定下载 trimmomatic了

conda install -c bioconda trimmomatic
trimmomatic --help

#部分参数介绍
ILLUMINACLIP: Cut adapter and other illumina-specific sequences from the read.
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 # 切除TruSeq3-PE中提供的Illumina适配器，去接头
SLIDINGWINDOW: Perform a sliding window trimming, cutting once the average quality within the window falls below a threshold.
SLIDINGWINDOW:4:15 #扫描4个碱基宽滑动窗口，当每个碱基的平均质量下降到15以下时进行剪切
LEADING: Cut bases off the start of a read, if below a threshold quality
LEADING:3      # 删除前低质量碱基(低于质量3)
TRAILING: Cut bases off the end of a read, if below a threshold quality
TRAILING:3      # 删除后低质量碱基(低于质量3)
CROP: Cut the read to a specified length
CROP：length    #从reads开始开始所要保留的碱基数为length
HEADCROP: Cut the specified number of bases from the start of the read
HEADCROP:12      #删除前12个碱基
MINLEN: Drop the read if it is below a specified length
MINLEN:36      # 上述步骤完成后，删除小于36个碱基的reads （放最后）
TOPHRED33: Convert quality scores to Phred-33
-phred33    #表示将质量分数转换为 Phred-33
TOPHRED64: Convert quality scores to Phred-64
-phred64    #表示将质量分数转换为 Phred-64

trimmomatic PE -phred33 DG5_1_R1.fq.gz DG5_1_R2.fq.gz output_forward1__paired.fq.gz output_forward1_unpaired.fq.gz output_reverse2_paired.fq.gz output_reverse2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/yinwen/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-hdfd78af_2/share/trimmomatic-0.39-2/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 HEADCROP:18 MINLEN:75

跑完后之前的又又又失败了，显路径不对，我也是用connda安装的，改路径，不报错，再跑。