随着全长扩增子报告内容的扩充,医学版报告单的呼声越来越高,今天就给大家介绍一下凌恩生物针对医学客户,变更/新增了哪些报告内容~
首先我们来看一下变更的内容吧!
CCA/RDA分析、PICRUSt2功能预测、随机森林-biomarker鉴定、随机森林对环境因子的预测,这些分析更加关注于医学类的研究,内容全部变更成医学类的描述,更加贴近临床需求。
来,举个例子吧!
随机森林对环境因子的预测,变更前的内容是:对预测每一个环境因子的随机森林模型识别到的关键物种进行分析,展示这些物种对环境因子预测重要的关键物种及其在不同分组样本中的丰度分布情况。医学版全长扩增变更后:对预测每一个临床生理指标或表型指标的随机森林模型识别到的关键指标进行分析,展示这些临床生理指标在不同分组样本中的分布情况。
我们再来看一下新增的内容吧!
医学版主要新增内容为:肠型分析、候选病原菌鉴定及分布状态分析、Source Tracker溯源分析、微生物与代谢组关联分析,我们来一一介绍一下。
一、肠道分析
全称“肠道微生物分型”,微生物群落组成的变异划分成集群/组后,可以作为一种非常有效的区分人体肠道微生物的方法。医学界普遍认为人类分为3种肠型,分别以拟杆菌、普氏菌、厚壁菌为代表。
临床上主要应用于:1)在诊断上有助于判别个体的疾病状态;2)可作人体特定状态的风险或易感指标;3)层化可作为预后恢复的生物标记物;4)不同肠型可影响异质性物质代谢,从而产生不同的药物代谢动力学、药物代谢动态差异。
同肠型以不同颜色标注
二、候选病原菌鉴定及分布状态分析
以往的报告都是把样本中所有的微生物进行分析(α多样性、β多样性、物种组成、差异分析),但是在医学领域更多关注的是致病菌,改版后的全长扩增子医学版新添了候选病原菌鉴定及分布状态分析。根据数据库分析肠道微生物的类型,明确哪些是有益菌,哪些致病菌。对致病菌进行进一步的分析(α多样性、β多样性、物种组成以及差异分析),这样的分析是不是更适用于医学研究呢!
新增的内容还有SourceTracker溯源分析、微生物与代谢组学的关联分析,更多内容,我们下期再聊~