1.输入文件1

文件1：第一列是基因名字，列2：外显子起始位置，列3：外显子终止位置，列4：外显子的序号

2.输入文件2：

备注：列1：基因id；列2：snp在基因组上的位置

3.输出文件：

干货：

#判断snp的位置是位于外显子还是内含子
import pandas as pd
list1=[]
with open("44.txt","r") as f1:
    df1=pd.read_table(f1,header=None,index_col=0)

with open("43out-2.txt","r") as f2:
    df2=pd.read_table(f2,header=None,index_col=0)
    for i in range(df2.shape[0]):
        for j in range(df1.shape[0]):
            if df1.index[j]==df2.index[i] and df2.iloc[i,0]>=df1.iloc[j,0] and df2.iloc[i,0]<=df1.iloc[j,1]:
                print(df2.index[i],df2.iloc[i,0]," : exon"+str(df1.iloc[j,2]))
                # b+=1
            elif df1.index[j]==df2.index[i] and df2.iloc[i,0]>=df1.iloc[j,1] and df2.iloc[i,0]<=df1.iloc[j+1,0]:
                print(df2.index[i], df2.iloc[i, 0], " : intron"+str(df1.iloc[j,2]))