最近在通过GATK所介绍的best practice流程来call SNP流程
1.流程
1.1 BWA比对，获得sam文件
1.2 准备用picard来压缩排序sam文件为bam文件，并对bam文件进行去重复（duplicates marking）
这是就需要用到picard软件 按照教程网页上给的下载路径picard download | SourceForge.net，里面是2015年的1.119版本，下载解压缩后，按照官网教程Picard Tools - By Broad Institute进行测试时发现，picard竟然无法正常使用
这是查了后才知道，由于picard是java软件，picard-1.119版本却不支持我的电脑上的java 1.8
输入命令
java -jar ./opt/picard.jar(base) [hgzhong@head01 picard]$ java -jar /data/home/hgzhong/home/software_set/picard/picard.jar -h
Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 61.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 52.0
at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:763)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:467)
at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:73)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:368)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:362)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:361)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:349)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:495)出现报错，出现此错误的原因是picard的版本要求与自己服务器安装的java版本不兼容，自己的java version是1.8.0，但是自己下载的是最新版本的picard3.0.0(对java版本要求较高)，故自己选择picard2.25.5 的旧版本，下载链接 picard2.25.5
2.下载并安装
下载网址 picard
然后解压即可使用 ,输入一下命令，查看是否安装成功
#利用file命令查看文件类型
file picard.jar #显示为zip压缩格式
#解压缩，unzip
unzip picard.jar
#利用java -jar命令，测试一下picard
java -jar picard.jar
出现以上结果，则表明安装成功！
