4.MaxQuant中的Intensity，LFQ和iBAQ
大佬的软件，三种定量算法都发了文章。
- Intensity是将某Protein Groups里面的所有Unique和Razor peptides的信号强度加起来，作为一个原始强度值。用得很少。
- iBAQ是在Intenstiy的基础上，将原始强度值除以本蛋白的理论肽段数目。一般用于样本内不同蛋白的比较，因为它表征的是蛋白的摩尔比值（copy number）。也可用于不同样本比较，即通过归一化手工校准样本间误差：蛋白IBAQ值除以此样品所有蛋白的强度的和，计算比例（这也是组学中“等质量上样”和“等体积上样”的核心区别，等质量上样来看的是比例，但是计算比例是有压缩效应的）。用得较少。
- LFQ则是将原始强度值在样本之间进行校正，以消除处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。一般用于同一蛋白不同样本间的比较。不过我们拿到数据后，我们还是会过滤、填充、转换、标准化一条龙走一遍。用得最多。
蛋白组学定量值的比较说明
5.资源列表
- 评估工具Normalyzer
Normalyzer: A Tool for Rapid Evaluation of Normalization Methodsfor Omics Data Sets
- 其他
Normalization and missing value imputation forlabel-free LC-MS analysis
https://statomics.github.io/pda/assets/2_MSqRob_data_analysisIb.pdf
Comparison of Affymetrix data normalization methods using 6,926 experiments across five array generations
https://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/11712926.html
Comparative evaluation of label-free quantification strategies - PubMedThe selection of a data processing method for use in mass spectrometry-based label-free proteome quantification contributes significantly to its accuracy and precision. In this study, we comprehensively evaluated 7 commonly-used label-free quantification methods (MaxQuant-Spectrum count, MaxQuant-iB …
蛋白质组学两个定量方法（iBAQ和LFQ）的区别及常见的标准化方法
1、基于Maxquant软件处理的LabelFree蛋白质组学
首先，在使用Maxquant软件进行查库的时候，有两个参数值得大家关注：LFQ和iBAQ。
当我们在进行搜库时，如果两个参数都选择，将会在结果文件中有三个定量结果：Intensity，IBAQ和LFQ。
接下来，我们来详细解释一下这三个定量结果的区别：
Intensity：将Protein Group中的所有Unique和Razor peptides的信号强度求和，作为最原始的强度值
iBAQ：基于 Intensity 的强度值，除以该蛋白的理论肽段数目，主要用于同一样本内，不同蛋白的相互比较
LFQ：基于 Intensity 的强度值，在不同样本间执行矫正操作，达到降低样本预处理，仪器分析等操作造成的样本间的差异，主要用于同一蛋白，不同样本间的表达差异。比如，不同处理方法间，同一蛋白的表达量变化
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