采用VMD按照某一坐标轴旋转坐标结构

news2024/11/23 8:10:41

关注 $\color{Violet} \rm Mr.material\ ,$ $\color{red}{更}$ $\color{blue}{多}$ $\color{orange}{精}$ $\color{green}{彩}$ ！

主要专栏内容包括：
$\textbf{ \underline{\dag《LAMMPS小技巧》：}}$ 主要介绍采用分子动力学（ $L amm p s$ ）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度： $\bigstar$ ）
$\textbf{ \underline{\dag\dag《LAMMPS实例教程—In文件详解》：}}$ 主要介绍采用分子动力学（ $L amm p s$ ）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度： $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ ）
$\textbf{ \underline{\dag\dag\dag《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}}$ 主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度： $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ ）。
$\textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}}$ 主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度： $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ ）。
$\textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：}}$ 主要介绍针对处理后的数据可视化，并提供对应的绘图模板（需要一定编程能力，难度： $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ $\bigstar$ ）。
$\textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag\dag《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：}}$ 主要采用 $\rm Ovito$ 软件，对 $\rm Lammps$ 生成的轨迹文件进行渲染（难度： $\bigstar$ $\bigstar$ ）。

$\color{red}{\textbf{ \underline{专栏说明（订阅后可浏览对应专栏全部博文）：}}}$
$\color{red} 注意：$ 如需只订阅某个单独博文，请联系博主邮箱咨询。 $\rm lammps\_materials@163.com$

$\spadesuit$ $\dag$ 开源后处理集成程序：请关注专栏《LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理》
$\spadesuit$ $\dag$ $\dag$ 需要付费定制后处理程序请邮件联系： $\rm lammps\_materials@163.com$

选择所有原子，并记为 $a ll$

 set all [atomselect top all]

绕着z轴旋转90

 $all move [transaxis z -90]

1. 旋转前

在这里插入图片描述

2. 绕着Y轴旋转30° 旋转后

在这里插入图片描述

3. 调整盒子大小

measure minmax $all

$all moveby {1.5506435602219426e-6 1.8080943391396431e-6 8.952644634518947e-7}

measure minmax $all

pbc set {123.67752075195313 142.7479705810547 71.4052505493164}

在这里插入图片描述