Shermo是北京科音自然科学研究中心卢天老师开发的一个程序，可以用来处理量子化学计算过程中的热力学数据。本文基于Shermo程序，对ORCA频率计算的结果进行处理，批量输出热力学校正量。
参考来源
【使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据】
【Shermo官方手册】

安装与运行

从Shermo官网http://sobereva.com/soft/shermo/可以下载安装包 Shermo_2.3.6.zip。

解压，如果是在windows系统，双击“Shermo.exe”即可运行。其中可以根据自己的体系特点修改"settings.ini"中的参数设置。

如果是在linux系统运行，在任何目录下，如果想调用shermo(假如：Shermo安装包解压后的路径为/home/Shermo_2.3.6)，则输入命令/home/Shermo_2.3.6/Shermo可调用Shermo。为了能同时载入"settings.ini"中的参数设置，可以在脚本文件中添加两行代码，放在运行Shermo的命令前，如：

export PATH=$PATH:/home/Shermo_2.3.6
export Shermopath=/home/Shermo_2.3.6

简单任务示例

因此一份简单的脚本文件（使用默认的"settings.ini"参数设置），其内容可以是(假设脚本文件放在待处理数据文件"POSCAR.out"的当前路径，"POSCAR.out"是ORCA进行opt freq任务后产生的结果文件)：

export PATH=$PATH:/home/Shermo_2.3.6
export Shermopath=/home/Shermo_2.3.6
/home/Shermo_2.3.6/Shermo POSCAR.out > POSCAR_Shermo.out

执行后，Shermo会在待处理数据文件的目录下，产生三份文件：POSCAR_Shermo.out，scan_SCq.txt，scan_UHG.txt。后两份文件便有我们所需要的热力学校正量。

批量输出热力学校正数据

基于简单任务的思想，我们可以基于bash命令，使用for循环，实现对多份待处理的数据文件进行遍历，批量输出热力学校正量数据。下面以某一温度区间下批量输出热力学数据为例，展示思路设计及代码示例。

输出温度10-1000K范围内的热力学数据，其核心代码是：
/home/Shermo_2.3.6/Shermo POSCAR.out -T 10,1000,10 > POSCAR_Shermo.out

批量任务，实际就是遍历文件夹，读取out文件，执行核心代码，因此只需要加一个for循环即可，代码示例：

#!/bin/bash
export PATH=$PATH:/home/Shermo_2.3.6
export Shermopath=/home/Shermo_2.3.6
export poscar_dir=/home/test/  #文件夹
out_file=".out"
shermo_name="_shermo"
#下面利用循环实现批量运行
for file in `ls -l ${poscar_dir} |awk '/^d/ {print $NF}'`;do
    # 打印文件名
    echo "对文件夹${file}执行shermo输出热力学数据..."
    # 切换到需要进行实验的目录
    cd "${poscar_dir}${file}"
    # 运行实验
    #shermo
    # 查找.out后缀文件
    for expname in `ls . | grep .out`;
        do
            echo "实验文件名：${expname}"
            /home/Shermo_2.3.6/Shermo ${expname} -T 10,1000,10 > "${expname%%.*}$shermo_name$out_file"
        done
    echo "${file}shermo输出热力学数据完成"
    cd ..
    cd ..  
done
echo "所有POSCAR的热力学数据已经生成"

以上便是本文的内容，如果想了解更详细的使用教程，建议直接查阅Shermo官方手册。
参考来源
【使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据】
【Shermo官方手册】