BioXFinder生物数据库

news2024/11/16 7:22:37

BioXFinder是目前国内第一个也是国内唯一一个生物信息数据库,由享融智云公司精心研发,主要针对生物科研工作者的综合性生物数据检索及分析平台,汇集了核酸、蛋白、蛋白结构、代谢通路和信号通路信息,解决海外数据访问难、访问慢的痛点。同时集成了BLAST、生存分析、基因ID转换等生信分析工具。用户可高效的搜寻到自己想要的信息(中英双文),并且在无代码的情况下完成生信分析。

 

BioXFinder公司背景

享融智云于2022年首次提出BCPM数据架构,深度打通“生物、化学、药学、医学”全产业链数据,而BioXFinder生物平台就属于其BCPM架构下的生物数据模块。目前该公司自主知识产权检索系统已涵盖4大产业链架构,15大数据库矩阵,200+子数据库,50亿+结构化数据量;全面服务于政府、企业、学校、研究机构、投融资机构、医院等。

BioXFinder数据库介绍:

核酸数据:收录4000多万条核酸数据,覆盖人、大鼠、小鼠三个物种,包含核酸序列、序列描述、序列长度、分子类型等信息,长序列支持一键下载。

蛋白数据库:收录50多万条高质量的、手工注释的非冗余的蛋白质信息,包含蛋白质的基本信息、序列、序列特征、功能、名称和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、相互作用等信息。

蛋白结构数据库:收录19多万条经过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质结构数据。包括蛋白3D结构、基本信息、实验数据、参考文献等。

通路数据库:收录1千多张整合的经典通路,覆盖人、大鼠、小鼠三个物种,包含基因、化合物、酶、多聚糖、药物和疾病之间的相互作用关系等信息。

⑤生物信息工具:快速、全面、易用的生信可视化分析工具。

  1. 基因ID转换:帮助用户解决常见研究物种的基因ID在不同数据库之间的ID转换,并且提供基因的常见注释信息,为用户研究基因提供方便。
  2. 生存分析:研究不同分组之间患者的生存是否存在差异,并对结果进行可视化呈现。
  3. GO富集分析:Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,用来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。
  4. KEGG富集分析: 在生物体内,不同基因相互协调行使其生物学功能,基于Pathway的分析有助于更进一步了解基因的生物学功能。
  5. PathView:Pathview是一个用于通路数据的整合和可视化的工具。它能在通路图上绘制并呈现出各种各样的生物数据。
  6. 相关性热图:相关性热图是用来分析多个变量,两两之间相关性的图形。
  7. 火山图:显示样品间基因差异表达的分布图。适用于转录组、蛋白组、代谢组、微生物等差异数据的可视化。
  8. 序列logo图:序列logo被广泛用于深入了解序列的潜在模式,在生物信息学可视化分析中的起着关键作用。
  9. 数据标准化/归一化处理:在生物信息学的分析中,主要用来消除不同样本之间的尺度和偏差、提高数据的可靠性和重复性和优化数据分析结果。
  10. 热图:用来展示不同样本间的基因表达情况,通过不同的颜色来体现出数据的表达丰度。主要于转录组、代谢组、蛋白、16S、实验结果采集等所有适合绘制热图的数据。

BioXFinder亮点

  1. 数据本地化存储,查询与交互毫秒级响应,解决海外数据访问难、访问慢的痛点。
  2. 中英双语版本,中文版由专业人员打造,交互简洁,方便国人使用。

3、核酸、蛋白、蛋白结构、通路等内容集于一体,精准、快捷、高效。

4、数据检索与生信分析工具兼具,功能多样。

5、数据来源于各大权威公开数据,数据权威、详实。

6、个性化的个人中心,随时随地查看历史任务状态及运行结果。

BioXFinder使命

承载国内生物数据信息平台重任,推动生命科学创新与科研成果转化。

BioXFinder网址:https://bio.bcpmdata.com/

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