一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 4-6 临床模型构建(六)

news2024/9/20 1:03:29

 

 

之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:

本专栏目录如下:

Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)

Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考) 

Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)

Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)

Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考) 

Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)

FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)

本节Figure 4,Figure 5,和Figure 6是合在一起讲,这样比较方便理解,但是出图的话,我们是分开做图

之前我们已经将训练集和验证集的文件读了出来,下面我们就读取训练集来做ROC曲线,具体代码如下:


                

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/64951.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

FineReport智能数据图表- 文本域控件

1. 概述 1.1 版本 报表服务器版本 11.0 1.2 应用场景 1.2.1 填报控件 填报报表中可以通过该控件输入多行文本信息,录入填报的数据,如下图所示: 1.2.2 参数控件 参数面板处可以通过该控件输入多行文本信息,键入查询参数&#…

【车载开发系列】UDS诊断---安全访问服务($0x27)

【车载开发系列】UDS诊断—安全访问服务($0x27) UDS诊断---安全访问服务($0x27【车载开发系列】UDS诊断---安全访问服务($0x27)一.概念定义二.安全控制过程三.报文格式1)请求种子2)发送密钥3)否定响应四.否定响应码列表五.参数定义六.注意事项…

JavaScript基础学习

文章目录什么是JavaScriptJavaScript 运行过程JvaScript 的组成JavaScript的三种书写模式行内式内嵌式外部式JavaScript的输出输出方式输入: prompt输出: alert输出: console.logJavaScript的一些基础语法变量的使用如何理解JS的动态类型(弱类型)基本数据…

SSM整合:mybatis层-P17

首先构建新的项目。 MYSQL: 在mysql中创建我们需要的表 CREATE DATABASE ssmbuild;USE ssmbuild;DROP TABLE IF EXISTS books;CREATE TABLE books ( bookID INT(10) NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 书id, bookName VARCHAR(100) NOT NULL COMMENT 书名, bookCo…

【深入浅出Spring原理及实战】「IOC容器初始化」彻底让你明白和理解运行原理和源码流程

前言介绍 本篇文章篇幅较大,希望读者可以慢慢阅读,建议收藏,分多次阅读学习。 学习源码的过程当中,有几点建议: 一定要学会抓重点,归纳核心类、核心方法、核心步骤; 分析源码我们不需要太过于纠…

MongoDB 存储引擎

简单回顾 上次我们说到了关于 mongodb 的集群,分为主从集群和分片集群,对于分片集群中的分片这里需要注意如下几点,一起来回顾一下: 对于热点数据某些分片键(分片键是集合中每个文档中存在的索引字段或复合索引字段&a…

qt历史数据管理模块(模块化程序)功能块复制直接使用不冲突

一、前言 qt对历史数据管理部分个人总结的模块化程序,直接按照步骤复制粘贴程序,直接实现历史数据管理功能,无需花费脑筋在理清各个思路,适合快速编写组装程序 二、环境 windows qt5.7 sqlite3 三、正文 建议参照前文&…

【uni-app】uni-app之云开发uniCloud跨全栈开发笔记总结,包括一个 schema自动生成代码小案例(附详细截图)

1- 前言 本文主要讲解如何使用uni-app 和 uniCloud 云开发,实现小案例,不需要后端,来实现全栈开发。 2- 概念 2.1 什么是uni-app uni-app 是一个使用Vue.js开发所有前端应用的框架,开发者编写一套代码,可发布到iOS、…

对信息系统生命周期各阶段进行风险评估的要点汇总

概述 风险评估应贯穿于评估对象生命周期 各阶段中。评估对象生命周期各阶段中涉及的风险评估原则和方法昆一致的,但由干各阶段实施内容对象、安全需求不同.使得风险评估的对象、目的、要求等各方面也有所不同。在规划设计阶段,通过风险评估以确定评估对…

pytorch笔记(九)转置卷积、膨胀卷积

Transposed Convolution (转置卷积) 别名:Fractionally Strided Convolution (小数步长的卷积)、Deconvolution(逆/反卷积) 作用:upsampling(上采样) 模拟: PS:不是恢复原始值(因为一般情况下矩阵不可逆,无法等式左右两边同乘矩阵的逆得到原始矩阵) 转置卷积的…

为什么分布式系统这么火?

做Java的升职空间有限,可以说如果不想一辈子做程序员,只能往其他方向进行拓展,比如做到产品经理之类的或者技术总监。 可如果还是想做和技术相关的职业,那么架构师是很好的一步。 可是要如何做一名优秀的架构师呢? …

每天五分钟机器学习:经典的机器学习PCA的核心——特征分解技术

本节重点 本节我们将学习特征分解,特征分解是矩阵分析中非常重要的概念,它也可以应用到PCA算法中,本节先讲解什么是特征分解,然后讲解特征分解在PCA算法中的应用。 数学知识准备 如上所示是方差的定义,方差是度量一组数据的分散程度 如上所示是方差的定义,协方差是…

BSP板机支持包、linux启动分析、ARM裸机编程

文章目录一、BSP二、驱动驱动的基本要素三、启动分析1.uboot2.uboot的作用3.uboot相关命令关键的内容:1)bootargs,启动参数2)启动命令3)修改启动延时时间4)复位开发板5)修改本地IP地址6&#xf…

Matlab群体智能优化算法之大鲹鱼优化算法(GTO)

Giant Trevally Optimizer : A Novel Metaheuristic Algorithm for Global Optimization and Challenging 一、灵感来源二、算法的初始化三、GTO的数学模型  Phase1:广泛搜索  Phase2:选择区域  Phase3:攻击四、流程图五、伪代码六、实…

[附源码]计算机毕业设计四川景区管理系统Springboot程序

项目运行 环境配置: Jdk1.8 Tomcat7.0 Mysql HBuilderX(Webstorm也行) Eclispe(IntelliJ IDEA,Eclispe,MyEclispe,Sts都支持)。 项目技术: SSM mybatis Maven Vue 等等组成,B/S模式 M…

SWT Table列自适应大小

要实现列自适应大小首先需要保证Table根据窗口拖动而改变大小。 Window中提供setShellStyle可以设置外壳样式。 构造一个新的自定义器对话框,在构造函数中添加setShellStyle(getShellStyle() | SWT.RESIZE);即可改变自定义对话框大小,如: ge…

[附源码]Python计算机毕业设计SSM教师教学质量评价系统(程序+LW)

项目运行 环境配置: Jdk1.8 Tomcat7.0 Mysql HBuilderX(Webstorm也行) Eclispe(IntelliJ IDEA,Eclispe,MyEclispe,Sts都支持)。 项目技术: SSM mybatis Maven Vue 等等组成,B/S模式 M…

数据卷(Data Volumes)dockerfile

目录一、宿主机与容器之间的文件拷贝1、利用MySQL镜像安装MySQL服务2、从容器中拷贝文件到宿主机3、从宿主机拷贝文件到容器二、数据卷三、数据卷容器四、Dockerfile1、自定义centos,具备vim及ifconfig作用2、自定义tomcat8一、宿主机与容器之间的文件拷贝 1、利用…

Linux虚拟化网络之vlan配置

问题描述: Linux主机划分两个vlan,服务器server1的物理网卡的IP地址为1.1.1.1/24,服务器server2的物理网卡的IP地址为1.1.1.2/24。物理网卡下要虚拟化出来两个Vlan子接口,vlan10中主机的IP地址分别为10.10.10.1/24和10.10.10.2/2…

99%的人都把三层架构和SpringMVC的关系搞错了

99%的人都把三层架构和SpringMVC的关系搞错了!!! 先说结论, 三层架构和SpringMVC的关系就是没有关系。 很多人之前把SpringMVC中的M-Model当作三层架构中的servicedao(包括我),这个是一个错误…