Scanpy plot umap的color编码, Scanpy 的color map 如何设置?

news2024/12/25 9:09:09

Scanpy plot umap的color编码, Scanpy 的color map 如何设置?关键词palette(调色板)

image-20221129114338266

https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/generated/scanpy.pl.umap.html?highlight=pl.umap#scanpy.pl.umap

https://scanpy.discourse.group/t/specifying-color-of-umap-cluster/538/2

image-20221129114510407

自己选择喜欢的颜色:

palette

CD4 : "RED"

louvain结果的颜色,竟然可以直接被修改。louvain结果的颜色存在了.uns['louvain_colors']变量中

image-20221129115034150

scanpy color 的palette可以选择的颜色有哪些?

image-20221129115858322

微信图片转换为文字,太强了;

black
t
dimgrey
dimgraygreygraydarkgraydarkgrey
silver
lightgrey
lightgraygainsborowhitesmoke
whitew
snow
rosybrown
lightcoral
indianred
brown
firebrick
maroon
darkred
red
mistyrose
salmon
tomato
darksalmon
coral
orangered
lightsalmon
sienna
seashell
chocolate
saddlebrown
sandybrownpeachpuffperu
linen
bisque
darkorange
burlywood
antiquewhitetan
navajowhiteblanchedalmondpapayawhip
moccasin
orange
wheat
oldlace
floralwhitedarkgoldenrodgoldenrodcornsilkgold
lemonchiffonkhaki
palegoldenrod
darkkhaki
ivory
beige
lightyellow
lightgoldenrodyellow
olive
yellow
olivedrab
yellowgreendarkolivegreengreenyellowchartreuselawngreenhoneydewdarkseagreenpalegreenlightgreen
forestgreen
limegreen
darkgreengreen
0
lime
seagreen
mediumseagreenspringgreen
mintcream
mediumspringgreenmediumaquamarine
aquamarine
turquoise
lightseagreen
mediumturquoise
azure
lightcyan
paleturquoise
darkslategray
darkslategrey
teal
darkcyan
c
cyan
aqua
darkturquoise
cadetblue
powderblue
lightbluedeepskyblue
skyblue
lightskybluesteelbluealicebluedodgerbluelightslategreylightslategrayslategrey
slategray
lightsteelblue
cornflowerblue
royalblue
ghostwhite
lavender
midnightblue
navy
darkblue
mediumblueblue6
slateblue
darkslateblue
mediumslateblue
mediumpurplerebeccapurple
blueviolet
indigo
darkorchid
darkviolet
mediumorchidthistleplum
violetpurpledarkmagentammagentafuchsiaorchidmediumvioletreddeeppinkhotpinklavenderblushpalevioletredcrimson
pink
lightpink

天啊,这个可以通过代码直接得到:

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import colors as mcolors


colors = dict(mcolors.BASE_COLORS, **mcolors.CSS4_COLORS)

# Sort colors by hue, saturation, value and name.
by_hsv = sorted((tuple(mcolors.rgb_to_hsv(mcolors.to_rgba(color)[:3])), name)
                for name, color in colors.items())
sorted_names = [name for hsv, name in by_hsv]

n = len(sorted_names)
ncols = 4
nrows = n // ncols

fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 10))

# Get height and width
X, Y = fig.get_dpi() * fig.get_size_inches()
h = Y / (nrows + 1)
w = X / ncols

for i, name in enumerate(sorted_names):
    row = i % nrows
    col = i // nrows
    y = Y - (row * h) - h

    xi_line = w * (col + 0.05)
    xf_line = w * (col + 0.25)
    xi_text = w * (col + 0.3)

    ax.text(xi_text, y, name, fontsize=(h * 0.8),
            horizontalalignment='left',
            verticalalignment='center')

    ax.hlines(y + h * 0.1, xi_line, xf_line,
              color=colors[name], linewidth=(h * 0.8))

ax.set_xlim(0, X)
ax.set_ylim(0, Y)
ax.set_axis_off()

fig.subplots_adjust(left=0, right=1,
                    top=1, bottom=0,
                    hspace=0, wspace=0)
plt.show()
palette='Set1'
是什么颜色?
如下图所示:

image-20221202143817195

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/58651.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

JavaScript -- 08. 数组介绍

文章目录数组1 数组简介1.1 创数组1.2 向数组添加元素1.3 读取数组中的元素1.4 获取数组长度2 数组的遍历2.1 使用for循环遍历2.2 for-of遍历3 数组的方法3.1 Array.isArray()3.2 at()3.3 concat()3.4 indexOf()3.5 lastIndexOf()3.6 join()3.7 slice()3.8 push()3.9 pop()3.10…

Android Jetpack-Compose相关

Android Jetpack-Compose相关 一、什么是Compose? Jetpack Compose 是用于构建原生 Android 界面的新工具包。它使用更少的代码、强大的工具和直观的 Kotlin API,可以帮助您简化并加快 Android 界面开发,打造生动而精彩的应用。它可让您更快…

Go学习之路-环境搭建

默认运行设备系统:MacOS 安装 安装包下载地址(下面3个都可以): https://studygolang.com/dl https://golang.google.cn/dl/ https://golang.org/dl/ 我这里选择 pkg包、一键安装、默认的安装路径 /usr/local/go 环境 设置go语言…

[附源码]计算机毕业设计springboot在线图书销售系统

项目运行 环境配置: Jdk1.8 Tomcat7.0 Mysql HBuilderX(Webstorm也行) Eclispe(IntelliJ IDEA,Eclispe,MyEclispe,Sts都支持)。 项目技术: SSM mybatis Maven Vue 等等组成,B/S模式 M…

mmap 创建共享内存映射

所谓内存映射指的是 让一个磁盘文件与内存中的一个缓冲区相映射,进程访问这块内存时,就等同于访问文件对应映射部分,不必再调用 read / write 。 我们可以使用mmap函数来建立内存和文件某一部分的映射关系。 目录 一、共享内存映射的创建 /…

代码审计-3 文件包含漏洞

文章目录代码审计-文件包含漏洞文件包含漏洞种类当检测到目标存在文件包含漏洞时可以怎么利用文件包含中php可使用的协议PHPCMS V9.6.3后台文件包含漏洞后台路由分析漏洞寻找代码审计-文件包含漏洞 文件包含漏洞种类 当检测到目标存在文件包含漏洞时可以怎么利用 文件包含中php…

npm run dev和npm run serve

npm run dev和npm run serve目录概述需求:设计思路实现思路分析1.npm install命令2.package.json3.npm run serve参考资料和推荐阅读Survive by day and develop by night. talk for import biz , show your perfect code,full busy,skip hardness,make …

redis基础4——RDB持久化、AOF持久化全面深入解读

文章目录一、redis持久化机制1.1 持久化的背景1.2 两种持久化概念1.2.1 快照方式(RDB)1.2.2 文件追加方式(AOF)1.3 rdb持久化(Redis Database)1.3.1 快照原理1.3.2 触发机制1.3.2.1 手动触发1.3.2.1.1 save…

最常用的python开发工具

有哪些值得推荐的 Python 开发工具 推荐5个非常适合Python小白的开发工具:1、Python TutorPython Tutor是由Philip Guo开发的一个免费教育工具,可帮助开发者攻克编程学习中的基础障碍,理解每一行源代码在程序执行时在计算机中的过程。 通过…

CentOS8克隆虚拟机修改IP,错误:未知的连接 “ens160“

关于CentOS8该如何克隆与修改IP,并设置成静态IP的方法,可以参考我的另一篇文章,我也是一直这么做的。 CentOS8拷贝虚拟机、修改ip、主机 但是最近我再使用我的这篇文章克隆虚拟机的时候,竟然报错了,本来想删除掉克隆…

2023年天津农学院专升本专业课报名、确认缴费及准考证打印流程

天津农学院2023年高职升本科专业课考试 报名、确认缴费及准考证打印操作流程 一、报名操作流程 1. 阅读报名注意事项 请考生于2022年12月5日9点—12月10日12点登录报名系统 http://gzsb.tjau.edu.cn,请认真阅读报名注意事项。2.报名登录 点击“报名”菜单后进入报名…

LeetCode 374. 猜数字大小

🌈🌈😄😄 欢迎来到茶色岛独家岛屿,本期将为大家揭晓LeetCode 374. 猜数字大小,做好准备了么,那么开始吧。 🌲🌲🐴🐴 一、题目名称 LeetCode 374.…

2023最新SSM计算机毕业设计选题大全(附源码+LW)之java高校辅导员工作管理系统82aub

对于即将毕业或者即将做课设的同学而言,由于经验的欠缺,面临的第一个难题就是选题,确定好题目之后便是开题报告,如果选题首先看自己学习那些技术,不同技术适合做不同的产品,比如自己会些简单的Java语言&…

【圣诞文】用python带你体验多重花样圣诞树

前言 大家早好、午好、晚好吖 ❤ ~ 在圣诞要来临的前夕,我们来出一起圣诞特辑吧 (虽说可能有一丢丢早,但是等要来了在准备就来不及了呀~) 圣诞节要素 1、圣诞袜,最早以前是一对红色的大袜子,大小不拘。 …

Spring异步任务async介绍与案例实战

关于spring异步任务 简单地说,用Async注释bean的方法将使其在单独的线程中执行。换句话说,调用者不会等待被调用方法的完成。利用spring提供的注解即可简单轻松的实现异步任务处理。 默认线程池问题 Spring 异步任务默认使用 Spring 内部线程池 Simpl…

网页自动点赞

进入网页版QQ空间 ,在开发者模式下创建脚本 var x5,y10;function autoClick(){yy5;var zandocument.getElementsByClassName(item qz_like_btn_v3);for(var i0;i<zan.length;i){if(zan[i].attributes[6].valuelike){zan[i].firstChild.click();}};window.scrollBy(x,y);}win…

LC118原厂直流驱动芯片 SOP-8

直流驱动芯片 LC118 SOP-8 电机驱动电路 马达驱动IC 马达驱动IC LC118的描述&#xff1a; LC118 是为专门为低电压下工作的系统而设计的单通道玩具直流电机驱动集成电路。它具有 H桥驱动器, 采用导通电阻非常小的P-MOS和N-MOS功率晶体管作为开关管&#xff0c;可在瞬间提供大电…

CMake中target_link_libraries的使用

CMake中的target_link_libraries命令用于指定链接给定目标和/或其依赖项时要使用的库或标志。来自链接库目标的使用要求将被传播(propagated)。目标依赖项的使用要求会影响其自身源代码的编译。其格式如下&#xff1a; target_link_libraries(<target> ... <item>…

用Rust写一个链表,非常详细,一遍看懂

前言 在Rust里写一个链表可不是一件容易的事&#xff0c;涉及到很多的知识点&#xff0c;需要熟练掌握之后才能写出一个不错的链表。这篇文章主要介绍了如何写一个Rust链表&#xff0c;并且补充了涉及到的很多的额外知识点&#xff0c;尤其是所有权问题。 首先&#xff0c;你需…

人工智能内容生成元年—AI绘画原理解析

AIGC体验生成一、背景 2022年AIGC&#xff08;AI生成内容&#xff09;焕发出了勃勃生机&#xff0c;大有元年之势&#xff0c;技术与应用迭代都扎堆呈现。在各种新闻媒体处可以看到诸多关于学术前沿研究&#xff0c;以及相应落地的商用案例。可谓出现了现象级的学术-商业共振。…