在解析x射线蛋白晶体结构过程中，最常用的方法就是分子置换，即进行molecular replacement（MR）时，输入合适的同源蛋白作为model，以及目标蛋白的mtz和sequence，来完成相位解析的过程。

相位求解成功与否除了查看MR结束后的TFZ score（通常应该至少大于10）和LLG value（通常应该至少大于200）之外，还可通过后续的refmac查看Rfree（最好小于0.4）是否正常。

相位求解不成功的因素有很多，比如数据本身的质量问题，或者是空间群晶胞参数等设置问题。还有一个常见的问题就是model的选择问题，可以尝试着换一个model。

本文想介绍一下如果MR解正常，但是Rfree很高的情况下，如何利用CCP4i2中的Autobuild来创建一个新的model解决的方法。但是这个方法也并不绝对。可能有时候管用有时候不管用。

终端输入ccp4i2打开界面：

$ccp4i2

根据提示新建好project后，选择Autobuild protein

根据提示依次输入文件

Atomic model：输入上一步MR后的pdb。
Reflections and Free R set: 均为上一步MR后的对应mtz

这里解释一下为什么是MR后的pdb和mtz，因为用已知的model去解析时，MR结果正常，但是RFree数值不理想，所以解是对的，然后尝试用这个方法去重新在此基础上创建一个新的model，再重复做一次MR，看能否降低Rfree。

AU contents: 溶剂含量这里不支持直接输入，需要自动重新算一次。

Start from a partially built model：这里前面的小方框可以勾选上，然后输入和Atomic model一样的pdb文件。

点击上方Run开始运行，以及结果查看

结果model各项指标正常。可用它当model再重新做一次MR。