0、QuPath资源一览
QuPath是一款病理学和生物图像定量分析的软件,支持多种标注方式。一些常用资源如下:
- 官网:QuPath
- 官方文档:https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/index.html
- 软件下载列表:https://github.com/qupath/qupath/releases
1、下载与安装
1.1、下载
可以直接从官网下载:
也可以从软件下载列表中下载需要的特定版本:
1.2、安装
Windows版本,直接双击安装包,一步步安装即可:
Linux版本, 先对下载的压缩包解压,再进入启动命令所在目录,并赋予执行权限,即可运行:
Bash |
其他平台自行尝试。
2、基本用法
2.1、工程管理
虽然QuPath支持直接对图片进行处理,但建议使用其工程管理,这样可以方便地管理你的标注任务。
启动QuPath软件后,依次点击“File-->Project-->Create project”创建一个新的工程,如图所示:
也可以依次点击“File-->Project-->Open project”来打开一个已有的工程,或者依次点击“File-->Recent Project-->A”来打开一个已有的工程A。如果是打开已有工程,则会自动加载之前所导入的图片、已有的标注等信息,这对于工作的连续性较为友好。
2.2、图片导入
有两种方式,可以依次点击“File-->Open”来选择一张图片:
也可以直接将多张图片一次性拖入QuPath中:
然后,点击“Import”导入进来:
2.3、基本操作
QuPath支持多种标注方式,包括矩形、圆形、线条、多边形、轮廓线、画笔等:
可以选择需要的工具在图中进行标注。
2.4、数据保存
标注完毕后,可以依次点击“File-->Object data-->Export as GeoJSON”将标注结果保存起来: