1. 基因注释

到目前为止，我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义，转录因子可以影响其靶基因的表达。

转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定，因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰：

如果峰与基因重叠，则通常将峰注释为基因。

2. Peak 注释

ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的来源中使用预定义的注释，ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。

首先加载下一部分所需的库。

library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(org.Mm.eg.db)
library(GenomeInfoDb)
library(ChIPseeker)

annotatePeak 函数接受要注释的区域的 GRanges 对象、基因位置的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。

peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion = c(-500, 500), TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,
    annoDb = "org.Mm.eg.db")

class(peakAnno)

结果是一个包含峰注释和整体注释统计信息的 csAnno 对象。

peakAnno

csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它，ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。

peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno)
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno)
peakAnno_GR[1:2, ]

3. 可视化 Peak 注释

现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰，我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里，我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图，但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。

plotAnnoBar(peakAnno)

同样，我们可以绘制 TSS 站点周围峰值的分布。

plotDistToTSS(peakAnno)

ChIPseeker 还可以提供一个简洁的图来描述注释之间的重叠。

upsetplot(peakAnno, vennpie = F)