渗透测试往往会涉及到模拟破坏任意数量的应用程序或系统，其中包括：应用程序的协议接口、前端或后端服务器、安全基础设施、以及利用漏洞植入代码或窃取敏感数据等。那么，渗透测试的整体过程通常包括如下五个阶段：
1. 计划和侦察
此阶段主要包括：定义待测试的范围、优先级和目标。同时，此阶段还会说明关键系统的主要特征，以及即将执行的测试类型。
而侦察阶段则与情报的收集有关。例如：以被动和主动的方式，获取与目标系统相关的网络、域名、以及邮件服务器等信息，以便更好地了解待测目标的工作原理，及其潜在的切入口。
2. 扫描
该阶段主要涉及到了解目标系统将如何响应各种自动化的入侵尝试、以及攻击行为。渗透测试人员通常会使用如下方法：
 静态分析：在服务系统运行之前，检查应用程序的源代码，通过将其与既有的编码规则进行比较，进而对其进行代码级的分析与调试。
 动态分析：通过实时执行真实数据，对系统的安全性进行测试和评估。此类分析的目标是，通过采用自动化的安全扫描工具，对应用程序或系统执行扫描，进而实时发现各种错误与漏洞。
当然，在静态或动态分析之后，我们需要通过手动验证已发现的漏洞和错误，以消除各种误报。
3. 获得访问或利用的权限
那些在前面阶段已被识别出的各种漏洞，将会在此时被想方设法地利用到目标系统上，以获取访问权限，进而攫取各种有价值的信息。具体的利用方式可谓五花八门，其中包括：提升权限、拦截流量、以及注入恶意代码等。它们在攻击方式上各有侧重点，所造成的损害程度也不尽相同。
4. 保持访问
此阶段的主要目标是：确保攻击在获得对应用程序、或底层系统的访问权限后，仍然可以保持持续的访问状态。毕竟，只要攻击者能够维持对系统长期有效的访问权限，他们就能够更深、更远地接触到其他相关应用。可以说，渗透测试人员需要在本阶段通过模仿和检测，发现那些长期驻留在系统中、且尚未被检测到的高级持续威胁(advanced persistent threats，APT)。
5. 分析和报告
至此，我们需要将测试结果编译成详细的报告。而报告的主体应当主要能够反应出可以被利用的漏洞、易于被破坏和访问的敏感数据、以及安全测试人员在被“发现”之前，可以在系统中驻留的时长。