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准备数据：
- 获取基因组序列（FASTA格式）和对应的基因组注释文件（GTF或GFF格式）。
- 获取样本的BAM文件，确保这些文件已经过排序和索引。
- 获取变异信息文件（VCF格式），包含样本的基因型信息。如何获取snp的vcf文件请参考这篇文章：2021.07.30【WGS/GWAS】丨全基因组分析全流程(上)
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安装GATK工具：
- 下载并安装GATK工具包。确保Java环境已配置好。
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创建参考序列的索引：
- 使用GATK工具创建参考序列的索引文件。命令如下：
gatk CreateSequenceDictionary -R reference.fasta
- 创建BAM文件的索引：
- 确保BAM文件已经排序并创建索引。命令如下：
samtools sort sample.bam -o sample_sorted.bam
samtools index sample_sorted.bam
注意：早期samtools版本格式在排序步骤命令可能会发生报错，原因是-o的作用是作为输出文件的前缀而不是输出文件。可参考下列命令
samtools sort sample.bam sample_sorted
- 运行ASEReadCounter：
- 使用GATK的ASEReadCounter工具进行ASE分析。命令如下：
gatk ASEReadCounter -R reference.fasta -I sample_sorted.bam -V variants.vcf -O output.csv
- 参数说明：
-R：参考基因组序列文件。-I：排序并索引后的BAM文件。-V：变异信息文件（VCF格式）。-O：输出文件，包含ASE分析结果。
- 分析结果：
- 打开输出文件
output.csv，查看每个位点的等位基因特异性读取计数。 - 根据读取计数，计算等位基因的表达水平，进一步分析等位基因特异性表达情况。
- 打开输出文件
通过以上步骤，可以使用GATK ASEReadCounter工具进行ASE分析，详细分析每个位点的等位基因特异性表达情况。
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