新辅助免疫检查点阻断 (ICB) 在可手术食管鳞状细胞癌 (ESCC) 中显示出希望，但缺乏可用的疗效生物标志物。该文章对接受新辅助 ICB 的 ESCC 患者的肿瘤进行单细胞 RNA 测序，发现一组表达SPRY1 (CD8 + Tex-SPRY1) 的耗竭 CD8 + T 细胞亚群，其显示祖细胞耗竭 T 细胞 (Tpex) 表型并与对 ICB 的完全反应相关。使用独立的 ICB-/非 ICB 队列验证 CD8 + Tex-SPRY1 细胞作为改善反应和生存的 ICB 特异性预测因子，并证明 CD8 + T 细胞中 SPRY1 的表达强化了 Tpex 表型并增强了 ICB 疗效。此外，CD8 + Tex-SPRY1 细胞有助于巨噬细胞的促炎表型和 B 细胞的功能状态，从而通过增强 CD8 + T 细胞效应功能来促进抗肿瘤免疫。总体而言，该研究结果揭示了祖细胞样 CD8 + Tex-SPRY1 细胞在 ESCC 对 ICB 的有效反应中的作用，并为未来的个性化免疫治疗提供了机制生物标志物。
文章亮点
scRNA-seq 揭示ESCC 患者中存在祖细胞样 CD8 + Tex-SPRY1 细胞
CD8 + T 细胞中的 SPRY1 表达可增强 Tpex 并增强新辅助免疫检查点阻断（ ICB）疗效
CD8 + Tex-SPRY1 细胞可预测 ICB 疗法的有效反应和生存率提高
CD8 + Tex-SPRY1 细胞与巨噬细胞和 B 细胞的相互作用增强了 ICB 反应
分析结果
以下结果依次原理示意图、免疫治疗前后 ESCC 的细胞概况、祖细胞样 CD8 + Tex 细胞的鉴定、CD8 + Tex-SPRY1 预测 ESCC 免疫治疗的良好结果、SPRY1在CD8 + T细胞中的表达增加Tpex的比例并增强对抗PD-1治疗肿瘤的响应性、促炎性 Macro-MMP9 与 CD8 + Tex-SPRY1相互作用、TLS相关B细胞与CD8 + Tex-SPRY1相互作用
分析代码
代码详细说明
代码地址：https://github.com/walzimmer/3d-bat?tab=readme-ov-file
环境配置
R 4.1.1
Python 3.8.8
Seurat 4.1.1
SeuratObject 4.1.0
SingleCellExperiment 1.14.1
GenomicRanges 1.44.0
cowplot 1.1.1
ggplot2 3.3.6
ggrepel 0.9.1
survival 3.2-13
dplyr 1.0.9
Rcpp 1.0.8.3
data.table 1.14.2
anndata 0.8.0
scanpy 1.9.1
scipy 1.7.1
louvain 0.7.0
scvelo 0.2.4
sklearn 0.22
statannot 0.2.3
statsmodels 0.12.2
igraph 0.9.6
networkx 2.6.2
matplotlib 3.6.1
由于时间和资源有限，还没有亲自复现过，欢迎大家留言讨论，如果对结果或者方法实现有疑问的可以联系管理员进行解决：kriswcyYQ。
