代谢组数据分析一：代谢组数据准备

news2024/12/28 20:21:45

在这里插入图片描述

介绍

该数据集是来自于Zeybel 2022年发布的文章_Multiomics Analysis Reveals the Impact of Microbiota on Host Metabolism in Hepatic Steatosis_ [@zeybel2022multiomics]，它包含了多种组学数据，如:

  • 微生物组（粪便和口腔）

  • 宿主人体学指标

  • 宿主临床学指标

  • 宿主血浆代谢组

  • 宿主血浆靶向免疫因子

  • 22位患者纵向时间序列数据

本脚本目的是生成符合数据分析的下游数据对象，主要有如下两类：

  • phyloseq: phyloseq-class object

    • otu table

    • taxa table

    • sample table

    • tree file

    • Representative sequences (ASV OTU)

  • SummarizedExperiment: SummarizedExperiment-class object

    • otu table

    • taxa table

    • sample table

本文来自互联网用户投稿，该文观点仅代表作者本人，不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如若转载，请注明出处：http://www.coloradmin.cn/o/1908534.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符，请联系多彩编程网进行投诉反馈，一经查实，立即删除！

相关文章

C语言之数据在内存中的存储（1），整形与大小端字节序

C语言之数据在内存中的存储（1），整形与大小端字节序

目录 前言 一、整形数据在内存中的存储 二、大小端字节序 三、大小端字节序的判断 四、字符型数据在内存中的存储 总结 前言 本文主要讲述整型包括字符型是如何在内存中存储的，涉及到大小端字节序这一概念，还有如何判断大小端，希望对大…
阅读更多...
大语言模型的直接偏好优化（DPO）对齐在PAI-QuickStart实践

大语言模型的直接偏好优化（DPO）对齐在PAI-QuickStart实践

直接偏好优化（Direct Preference Optimization，DPO)算法是大语言模型对齐的经典算法之一，它巧妙地将奖励模型（Reward Model）训练和强化学习（RL）两个步骤合并成了一个，使得训练更加快…
阅读更多...
Python 基础知识：为什么使用 __init__.py ？

Python 基础知识：为什么使用 __init__.py ？

大家好！今天，我们将深入了解 Python 中的 __init__.py 文件，这个小文件却能干大事。让我们抛开任何专业术语，直接进入正题。 什么是 __init__.py ？ 假设你有一个 Python 目录，里面有一堆 Python 文件&…
阅读更多...
vue3【实战】语义化首页布局

vue3【实战】语义化首页布局

技术要点&#xff0c;详见注释 <script setup></script><template><div class"page"><header>页头</header><nav>导航</nav><!-- 主体内容 --><main class"row"><aside>左侧边栏<s…
阅读更多...
JavaDS —— 顺序表ArrayList

JavaDS —— 顺序表ArrayList

顺序表 顺序表是用一段物理地址连续的存储单元依次存储数据元素的线性结构&#xff0c;一般情况下采用数组存储。在数组上完成数据的增删查改。在物理和逻辑上都是连续的。 模拟实现 下面是我们要自己模拟实现的方法&#xff1a; 首先我们要创建一个顺序表&#xff0c;顺序表…
阅读更多...
C++初探究

C++初探究

概述 C可以追溯到1979年&#xff0c;C之父Bjarne Stroustrup在在使用C语言研发工作时发现C语言的不足&#xff0c;并想要将其改进&#xff0c;到1983年&#xff0c;Bjarne Stroustrup在C语言的基础上添加了面向对象编程的特性&#xff0c;设计出了C的雏形。 网址推荐 C官方文…
阅读更多...
C++继承（一文说懂）

C++继承（一文说懂）

目录 一&#xff1a; &#x1f525;继承的概念及定义1.1 继承的概念1.2 继承定义1.2.1 定义格式1.2.2 继承关系和访问限定符1.2.3 继承基类成员访问方式的变化 二&#xff1a;&#x1f525;基类和派生类对象赋值转换三&#xff1a;&#x1f525;继承中的作用域四&#xff1a;&a…
阅读更多...
太多项会毁了回归

太多项会毁了回归

「AI秘籍」系列课程&#xff1a; 人工智能应用数学基础 人工智能Python基础 人工智能基础核心知识 人工智能BI核心知识 人工智能CV核心知识 多项式回归的过度拟合及其避免方法 通过添加现有特征的幂&#xff0c;多项式回归可以帮助你充分利用数据集。它允许我们甚至使用简…
阅读更多...
Java学习高级二

Java学习高级二

Java是单继承的 Object类 方法重写 Java子类访问 – 就近原则 子类构造器的特点 多态 Java–final
阅读更多...
【豆包AI】北京春田知韵

【豆包AI】北京春田知韵

看到有国内AI上线了&#xff0c;网络信息那么多&#xff0c;我该怎么找它的官网呢&#xff1f; 找官方网站3步 1百度 关于抖音豆包的网站是哪个?【www.doubao.com】 豆包属于哪个公司&#xff1f;【北京春田知韵科技有限公司】 www.doubao.com 2查询备案号 PC版本的安装…
阅读更多...
理解算法复杂度：时间复杂度详解

理解算法复杂度：时间复杂度详解

引言 在计算机科学中&#xff0c;算法复杂度是衡量算法效率的重要指标。时间复杂度和空间复杂度是算法复杂度的两个主要方面。在这篇博客中&#xff0c;我们将深入探讨时间复杂度&#xff0c;了解其定义、常见类型以及如何进行分析。 什么是时间复杂度&#xff1f; 时间复杂度…
阅读更多...
论文《Generalizable Adversarial Attacks Using Generative Models》笔记

论文《Generalizable Adversarial Attacks Using Generative Models》笔记

【DAGAER】传统的攻击方法依赖于约束优化范式&#xff0c;具有局限性&#xff0c;例如经典的Nettack攻击方法。本文提出了一个统一的白盒对抗攻击生成框架&#xff0c;该方法学习了目标域的深度生成模型&#xff0c;不是在原始输入空间中生成对抗性例子&#xff0c;而是学习在一…
阅读更多...
elk在宝塔中的简单部署和使用

elk在宝塔中的简单部署和使用

ELK是什么&#xff1f;了解elk “ELK” 是 Elasticsearch、Logstash 和 Kibana 三个开源软件的首字母缩写。这三个软件一起常被称为 “ELK Stack” 或 “Elastic Stack”。它们主要用于日志管理和分析&#xff0c;提供了强大的数据搜索、分析和可视化功能。 Elasticsearch&am…
阅读更多...
C++初阶学习第一弹——入门学习C++

C++初阶学习第一弹——入门学习C++

目录 1.什么是C 2.C关键字 3.命名空间 3.1命名空间的定义 3.2命名空间的使用 1、加命名空间名称及作用域限定符 2、使用 using 将命名空间中某个成员引入 3.使用using namespace 命名空间名称 引入 4.C输入&输出 5.缺省参数 5.1 缺省参数概念 5.2缺省参数分类 6. …
阅读更多...
Dungeonborne卡顿延迟怎么办？这样降低Dungeonborne延迟

Dungeonborne卡顿延迟怎么办？这样降低Dungeonborne延迟

Dungeonborne将第一人称的动作的即时性和经典的西幻RPG职业设计深度结合&#xff0c;带来无与伦比的游戏体验。玩家在游戏中扮演一位从神秘地牢中醒来的勇士&#xff0c;他必须面对各种未知的敌人和挑战&#xff0c;逐渐揭开自己的身世之谜。在这个充满魔法和奇迹的世界里&…
阅读更多...
【计算机毕业设计】015基于weixin小程序校园防疫

【计算机毕业设计】015基于weixin小程序校园防疫

&#x1f64a;作者简介&#xff1a;拥有多年开发工作经验&#xff0c;分享技术代码帮助学生学习&#xff0c;独立完成自己的项目或者毕业设计。 代码可以私聊博主获取。&#x1f339;赠送计算机毕业设计600个选题excel文件&#xff0c;帮助大学选题。赠送开题报告模板&#xff…
阅读更多...
基于MATLAB的PEF湍流风场生成器模拟与仿真

基于MATLAB的PEF湍流风场生成器模拟与仿真

目录 1.课题概述 2.系统仿真结果 3.核心程序与模型 4.系统原理简介 5.完整工程文件 1.课题概述 基于MATLAB的PEF湍流风场生成器模拟与仿真。PEF&#xff08;Primitive Equations Formulation&#xff09;湍流风场模型&#xff0c;是大气科学和气象学中用来描述大气流动和气…
阅读更多...
WebOffice在线编微软Offfice，并以二进制流的形式打开Word文档

WebOffice在线编微软Offfice，并以二进制流的形式打开Word文档

在日常办公场景中&#xff0c;我们经常会遇到这种场景&#xff1a;我们的合同管理系统的各种Word,excel,ppt数据都是以二进制数组的形式存储在数据库中&#xff0c;如何从数据库中读取二进制数据&#xff0c;以二进制数据作为参数&#xff0c;然后加载到浏览器的Office窗口&…
阅读更多...
【已解决】腾讯云安装了redis，但是本地访问不到，连接不上

【已解决】腾讯云安装了redis，但是本地访问不到，连接不上

汇总了我踩过的所有问题。 查看配置文件redis.conf 1、把bind 127.0.0.1给注释掉&#xff08;前面加个#就是&#xff09;或者改成bind 0.0.0.0&#xff0c;因为刚下载时它是默认只让本地访问。&#xff08;linux查找文档里的内容可以输入/后面加需要匹配的内容&#xff0c;然后…
阅读更多...
2024人工智能大会_强化学习论坛相关记录

2024人工智能大会_强化学习论坛相关记录

求解大规模数学优化问题 规划也称为优化 四要素&#xff1a;数据、变量、目标、约束 将一个简单的数学规划问题项gpt进行提问&#xff0c;GPT给了一个近似解&#xff0c;但不是确切的解。 大模型的训练本身就是一个优化问题。 大模型是如何训练的&#xff1f;大模型训练通常使…
阅读更多...
推荐文章
最新文章

Copyright @ 2022~2023