Linux系统初探
Linux系统简介
发行版本Ubuntu/centOS,逻辑一样,都可以用。
服务器
本质是一台远程电脑,大多数服务器是Linux系统,通常使用命令行远程访问而不是桌面操作。LInux服务器允许多用户同时访问。NGS组学测序数据上游处理需要服务器。
登录方法
- ssh 用户名@IP地址(端口号)
- 接受主机密钥
- 输入密码
Exit
退出服务器
逻辑:登陆代码由几部分组成:
- ssh:ssh命令是用于在Linux系统中远程登录和执行命令的工具。它使用安全的加密协议来传输数据,并提供了对远程计算机进行管理、文件传输和执行远程命令的功能。
- ssh <空格> 用户名@地址(端口)<回车>
- 输入密码
Linux连接终端设置[Termius]
-
左键复制、右键粘贴
-
代码框配色、字体大小
-
shortcuts:Disable(以linux快捷键为主
-
使代码彩色更易读的两行命令
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
传输文件
SFTP:直接拖拽即可。
文件结构
在linux中,一切皆文件
- 一切文件的源头:根目录
root
- 用户目录:家目录
home
- 一些表示目录的特殊符号:
.
当前目录;..
上一级目录;~
家目录;/
只有当/在路径最前面时才是根目录,其他位置都代表分隔符。
命令格式
命令+参数+文件
command [-options [parameter]] [file] #[]里面内容可没有
- command:命令名
- -options:选项,用来对命令进行控制,也可以省略
- 两种格式
-h
/-help
都可以
- 两种格式
- parameter:传给命令的参数,可以是零个/一个/多个
- file:待处理文件
文件管理命令
-
pwd
(print working directory) -
ls
(list information about the files)-
常见参数
-a
列出全部文件,包括隐藏文件(all)-l
列出目录的详细信息(long)-h
将目录容量转换为人类易读的方式GB/KB(human)-S
以文件大小排序(Size大写)-t
以时间排序(time)-r
倒序排列(reverse)
-
推荐命令
ll -thr ##<ll>=<ls -la> 所有文件按时间排序,最新的文件在最下面显示,同时显示文件大小,非常方便!!
-
常见用法:ls [参数] [路径/文件名]
-
ls ../
列出上层目录的文件 -
ls ./*txt
列出当前目录下以txt结尾的文件
-
-
文件属性:
第一个字母:
d
文件夹;l
连接/快捷方式;~
普通文件后面每三个字母为一组,第一组为自己权限;第二组为网组权限;第三组为其他人权限。
三个字母分别代表:
r
/4
读;w
/2
写;x
/1
可执行~rwx~~~~~~
自己能读写执行,同组人和其他人都没有读写执行的权限。
-
-
cd
(change directory)-
无常见参数
-
常见用法:cd [路径/目录]
cd ..
切换到上层目录cd /
切换到根目录cd -
返回上一次的工作目录(电视跳台)cd /teach/
切换到根目录下的teach,绝对路径cd ~
/cd
回到家目录
-
-
mkdir
(make the directory)-
常见参数:-p/–parents,递归创建目录(可以创建多层级文件夹)
-
常见用法:mkdir [-p]
-
-
touch
新建空文件- 无常见参数
- 常见用法: touch file(不常用)
-
mv
(move)-
无常见参数
-
常见用法:mv A B
A是待改变文件,B如果为文件夹,则移动到B;B如果不为文件夹,则重命名为B
A是待改变文件夹,B如果为文件,报错;B如果为文件夹,则移动到B
- 删除文件:创建空文件命名为待删除文件,直接覆盖
-
-
rm
(remove)-
常见参数:
-f
force不显示警告讯息-i
在删除前询问用户-r
递归删除文件夹(删除整个文件夹)
-
常见用法
rm [-option] file
-
-
cp
(copy and paste)-
常见参数
-r
copy -
常见用法
cp [-option] <SOURCE> <DIRECTORY>
可以在过程中重命名CP readme.txt ./biotrainee/yeah #移动到文件夹后重命名成yeah
-
-
ln
(link)链接,分软链接(常用)和硬链接(默认)。快捷方式,不用拷贝文件到工作目录,节省空间。-
常见参数
-s
创建一个软链接(硬链接一般不用) -
常见用法
ln -s <TARGET> <DIRECTORY>
把TARGET文件连接到DIRECTORY目录,文件要写绝对路径。
-
-
tar
(tape archive)压缩或解压缩-
常见参数
-c
创建一个新的tar归档文件(创建压缩文件)-x
从已有tar归档文件中提取文件(解压缩)-f
输出结果到文件或设备(这个参数只能放在最后一个)-v
在处理文件时显示文件(显示处理进度)- 将输出重定向给bzip2命令
- 将输出重定向给gzip命令
-
常见用法
- 解压缩:
tar [-zxvf] [待解压包]
- 压缩:
tar [-zcvf] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录]
- 解压缩:
-
-
压缩和打包的区别:压缩只能针对一个文件进行压缩,需要先
tar
打包,然后使用压缩程序进行压缩。 -
绝对路径:从根目录开始的全路径;相对路径:相对于当前工作目录的路径。
-
正则表达式:
*
匹配任意多个字符(0到正无穷)?
匹配任何单个字符
Linux快捷键
Ctrl+A
快速移动到命令行首字
Ctrl+E
快速移动到命令行末尾
Ctrl+W
剪切一个单词
Ctrl+U
剪切从光标到行首命令
Ctrl+K
剪切从光标到行尾命令
Ctrl+L
清空命令行
Ctrl+C
强制停止命令
双击选中一个单词,三击选中一行
Tree命令
tree
命令是一种递归目录列表显示命令,使用该命令可以以树状图的形式列出一个目录下所有文件内容。tree
适用于以下系统:Linux,FreeBSD,OS X操作系统,Solaris,HP UX,Cygwin,HP NonStop OS / 2。需要单独安装。
Command -h
可以看某命令的帮助文档- Linux中,空格定性不定量;大小写敏感
- linux的扩展学习资料
- linux命令手册
- 鸟哥的linux私房菜
引用自生信技能树课程~