文章目录
- 一、选择出团簇原子和非团簇原子
- 1. 选择团簇原子
- 2. 删除非团簇原子
- 二、选择出团簇原子和非团簇原子
- 1. 团簇分析
- 2. 团簇具体信息
- 三、渲染团簇
- 1、 对团簇进行选择
- 2、 获得团簇渲染后的结果
- 四、渲染结果
- 五、 案例dump下载
博文《根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）》 中给出了如何识别团簇的代码，这里不再赘述，只讨论渲染过程。
本案例突出团簇的形成、生长过程。 本案例突出团簇的形成、生长过程。 本案例突出团簇的形成、生长过程。
一、选择出团簇原子和非团簇原子
1. 选择团簇原子
这里通过程序识别后的 D u m p \rm Dump Dump 轨迹进行的筛选。选出后，暂时删除这些原子。
2. 删除非团簇原子
二、选择出团簇原子和非团簇原子
1. 团簇分析
筛选出团簇原子，并采用 O v t i o Ovtio Ovtio 自带的团簇分析功能， C l u s t e r a n a l y s i s \rm Cluster\ analysis Cluster analysis。
可以看到Ovito可以很好识别出来体系内的团簇。
2. 团簇具体信息
点开团簇信息可以看到没一个团簇的大小和ID，这个可以通过Ovito输出
三、渲染团簇
1、 对团簇进行选择
这里我们先根据程序识别的原子
m
a
r
k
\rm mark
mark 信息进行筛选。
2、 获得团簇渲染后的结果
删除团簇内的原子，只留下渲染后的结果。
四、渲染结果
可以看到团簇的变化过程，并统计团簇信息。
五、 案例dump下载
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