真核生物的蛋白降解途径主要分为溶酶体途径、泛素蛋白酶体途径、胞液蛋白酶水解途径和线粒体蛋白酶途径等四种 (图1)。其中，PROTAC 所依赖的蛋白酶体途径主要针对细胞周期蛋白、转录因子、细胞表面受体以及胞内变性蛋白等进行降解。
目前，PROTAC 已有靶向 ER、AR、BTK 以及 IRAK 的分子上市，不难看出，它们都是肿瘤相关蛋白。这些肿瘤相关蛋白，在特定的肿瘤细胞有特定的表型，或本身就是致癌蛋白，比如 Kras G12C，不用考虑在正常组织中的分布，可直接被降解。
如果是一个非特异性蛋白需要开发成高靶向性的 PROTAC 该如何呢？我们总结了三种思路：一是光控 Linker 靶向释放；二是构建 PAC 分子；三是从 E3 连接酶的特异性上设计。
非特异性蛋白靶向思路一：光控 Linker
光控 Linker 主要分成两种，一种是光敏基团遮蔽，一种是光敏基团异构。
光敏基团遮蔽：Xue 等将原 PROTAC 分子 dBET1 的靶蛋白 BRD4 配体 JQ1 用 4,5-dimethoxy-2-nitrobenzeneDMNB 屏蔽，活性降低了 100 倍以上，之后再用 365 nm 的光照将 dBET1 释放，靶蛋白 BRD4 在 1 μM 浓度下几乎完全降解 (Dmax = 93%)。
光敏基团异构：Pfaff 等利用偶氮苯异构体顺反式距离相差 3-4Â 正好与 PROTAC linker 活性与非活性差异区间类似的特点，将原 PROTAC 分子 ARV-771 的 linker 用改造后包含顺式偶氮苯的结构。顺式偶氮苯可以在 415 nm 的光照下变为反式结构，恢复 ARV-771 活性链长。
非特异性蛋白靶向思路二：PAC 分子
这是一种采用了抗体偶联药物 (ADC) 技术的分子，这种将 PROTAC 与 ADC 结合的技术也被称为抗体 PROTAC 复合物 (PAC)。
Maneiro 等在曲妥珠单抗上通过一段连接子片段连上上文的 BRD4 降解剂 ARV-771，连接后的分子仅在 HER2 阳性乳腺癌细胞系中降解 BRD4，而避开了 HER2 阴性细胞。
非特异性蛋白靶向思路三：特殊 E3 连接酶
传统的 E3 连接酶选择是 CRBN、VHL 和 IAP 等配体，其中 VHL 可以被用于受体酪氨酸激酶 (RTK) 中，可作为降解膜蛋白的一种选择。对 E3 配体的考量，除了配体本身对 PROTAC 物理性质的影响外，还可以利用特殊的 E3 配体达到组织靶向性，比如 IAP 作为凋亡抑制蛋白，在癌细胞中高表达，可以基于此开发相应的 PROTAC 分子，该类分子也叫 SNIPER。
泛素样 PHD 和环指结构域 1 (UHRF1) 在乳腺癌等各种癌症中均过度表达，是环指 E3 泛素连接酶亚家族的成员，它通过与 H3K9me3 形成复合物发挥作用。Senisterra 等筛选 44000 个化合物库中破坏 UHRF1-H3K9me3 相互作用的小分子，最后通过优化发现了 Kd 值为 2.4 μM 的 NV03。遗憾的是，目前还没有基于 UHRF1 的针对乳腺癌的 PROTAC 分子被开发。
总结：
PROTAC 分子虽然可以模块化地构建靶蛋白降解分子，但是靶点选择性的问题让它对一些非特殊蛋白束手无策。好在，可以结合光控基团和 PAC 的技术，“锦上添花”般优化已有分子的靶向性。但最终 PROTAC 选择性问题的解决还是需要从根本上去改造它的结构。
万丈高楼平地起，构建 PROTAC 分子，合适的模块是必需的。MCE 是全球前沿的科研化学品和生物活性化合物供应商，可以为科学家提供 PROTAC 相关模块化产品，目前我们已有 PROTAC、SNIPER、PROTAC-Linker Conjugate for PAC 以及它们的构成模块等各种产品在线。同时，我们还提供 PROTAC 产品的一体化合成服务。
PROTAC 分子设计要素:
| PROTAC |
| dBET6 是一种高效的，选择性的，细胞透过的基于 PROTAC 技术的 BET 降解剂，IC50 值为 14 nM，具有抗肿瘤活性。 |
| PROTAC K-Ras Degrader-1 是一种基于 PROTAC 技术的有效的 K-Ras 降解剂，在 SW1573 中对 K-Ras 降解率 ≥ 70%。 |
| SNIPER |
| SNIPER (BRD)-1 由 IAP 拮抗剂 LCL-161 衍生物和 BET 抑制剂 (+)-JQ-1，通过 linker 连接组成，诱导 BRD4 降解。SNIPER (BRD)-1 同时抑制 cIAP1，cIAP2 和 XIAP，IC50 分别为 6.8 nM，17 nM 和 49 nM。 |
| SNIPER (ABL)-020 由 Dasatinib (ABL 抑制剂) 通过 linker 与 Bestatin (cIAP1 配体) 组合而成，可有效降解 BCR-ABL 蛋白。 |
| Protac-linker conjugate for PAC |
| PROTAC BRD4 Degrader-5-CO-PEG3-N3 是一种用于 PAC 的 PROTAC-linker 偶联物，包含 BRD4 降解剂 GNE-987 和 3 个 PEG 的 linker。 |
| PAC 由 ADC linker 和 PROTAC 分子组成，PAC 与抗体偶联。与 PROTAC (不偶联 Ab) 相比，PAC 偶联抗体之后更加显著降低雌激素受体-α (ERα) 水平。 |
| PROTAC BRD4 degrader for PAC-1 是一种用于 PAC 的 PROTAC-linker 偶联物，包含嵌合体 BET 降解剂 GNE-987 和含二硫化物的 linker。 |
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