1. taxize分解思路

taxize可以帮助人们从许多数据库中获取信息。

由于要处理的数据库很多，导致taxize包含的功能函数更多。人们可以通过阅读帮助页面和官网文档来浏览和学习这些函数。但是很不幸的是，在我阅读并翻译完官网文档后发现，该文档已经过时了，与帮助页面出入很大。

官方文档的中译内容请见：

• taxize（第一部分）
• taxize（第二部分）
• taxize（第三部分）
• taxize（第四部分）
• taxize（第五部分）

为了对taxize的函数有更加清晰明了的了解和快速上手，我将根据不同的数据库来整理各自对应的功能函数，进行分块，最后再对整合式的函数进行整理。我相信这对你我都有很大的帮助。

我们可以直接查看针对目标数据库的所有可用函数。或者查看针对多个数据库的整合式函数。

1.1 图解说明

黄色框内为功能函数
红色框内为必填参数；
蓝色框内为可选参数；
紫色框内为废弃函数；
橙色框内为参数选项。

绿色框内为内在数据。

表格表示函数的结果格式。

2. 针对不同数据库的函数组

有一点需要说明，废弃的函数不会出现在本文中，也不会进行提示。

2.1 APGⅢ

• 数据库地址：http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/

• 可用的函数：

  • apgOrders(…)
  • apgFamilies(…)
  • apg_lookup(taxa, rank = “family”)

• 可用的数据：

  • apg_orders
  • apg_families

• 图解apg
  

2.2 BOLD（barcode of life data system）

• 数据库地址：http://www.boldsystems.org/
• 可用的函数：
  • get_boldid_()
  • get_boldid()
  • as.boldid()
  • bold.ping()
  • bold.search()
  • bold.downstream()
• 图解bold