RDkit | 安装报错及使用

news2024/11/13 15:26:38

关于RDKit的学习及介绍:
RDKit安装
基础教程:[Getting Started with RDKit in Python]
RDkit四:数据处理过程中smiles编码的清洗统一化
reticulate-R Interface to Python

在RStudio中加载 rdkit.Chem和rdkit.Chem.rdmolops 时,报错,根据保存内容提示,是需要先安装python的,具体安装及设置参考:Python | 安装、环境配置及包的安装。

# reticulate包涵盖了用于Python和R之间协同操作的全套工具,在R和Rstudio中均可使用
library(reticulate)

## 6.2 安装rdkit包
reticulate::py_install("rdkit")


# 加载rdkit.Chem和rdkit.Chem.rdmolops
rdkit <- import("rdkit.Chem")
rdmolops <- import("rdkit.Chem.rdmolops")
remover <- import("rdkit.Chem.SaltRemover")

在这里插入图片描述
报错如下

> rdkit <- import("rdkit.Chem")
Error in stop_no_virtualenv_starter(version = version, python = python) : 
  Suitable Python installation for creating a venv not found.
Please install Python with one of following methods:
- https://www.python.org/downloads/
- reticulate::install_python(version = '<version>')

在这里插入图片描述

更详细的安装及调用报错过程可参考:reticulate | R-python调用 | 安装及配置 | conda文件配置。
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
v

> reticulate::py_install("rdkit")
+ "C:/Users/hp/AppData/Local/r-miniconda/condabin/conda.bat" "install" "--yes" "--prefix" "C:/Users/hp/AppData/Local/r-miniconda/envs/r-reticulate" "-c" "conda-forge" "rdkit"
Retrieving notices: ...working... done
Channels:
 - conda-forge
 - defaults
Platform: win-64
Collecting package metadata (repodata.json): ...working... done
Solving environment: ...working... done

## Package Plan ##

  environment location: C:\Users\hp\AppData\Local\r-miniconda\envs\r-reticulate

  added / updated specs:
    - rdkit


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    brotli-1.1.0               |       hcfcfb64_1          19 KB  conda-forge
    brotli-bin-1.1.0           |       hcfcfb64_1          20 KB  conda-forge
    cairo-1.18.0               |       h1fef639_0         1.4 MB  conda-forge
    certifi-2023.7.22          |     pyhd8ed1ab_0         150 KB  conda-forge
    contourpy-1.2.0            |   py39h1f6ef14_0         182 KB  conda-forge
    cycler-0.12.1              |     pyhd8ed1ab_0          13 KB  conda-forge
    expat-2.5.0                |       h63175ca_1         221 KB  conda-forge
    font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37|       hab24e00_0         388 KB  conda-forge
    font-ttf-inconsolata-3.000 |       h77eed37_0          94 KB  conda-forge
    font-ttf-source-code-pro-2.038|       h77eed37_0         684 KB  conda-forge
    font-ttf-ubuntu-0.83       |       hab24e00_0         1.9 MB  conda-forge
    fontconfig-2.14.2          |       hbde0cde_0         186 KB  conda-forge
    fonts-conda-ecosystem-1    |                0           4 KB  conda-forge
    fonts-conda-forge-1        |                0           4 KB  conda-forge
    fonttools-4.44.0           |   py39ha55989b_0         1.7 MB  conda-forge
    freetype-2.12.1            |       hdaf720e_2         498 KB  conda-forge
    freetype-py-2.3.0          |     pyhd8ed1ab_0          58 KB  conda-forge
    gettext-0.21.1             |       h5728263_0         5.3 MB  conda-forge
    greenlet-3.0.1             |   py39h99910a6_0         188 KB  conda-forge
    icu-73.2                   |       h63175ca_0        12.8 MB  conda-forge
    importlib-resources-6.1.1  |     pyhd8ed1ab_0           9 KB  conda-forge
    importlib_resources-6.1.1  |     pyhd8ed1ab_0          29 KB  conda-forge
    kiwisolver-1.4.5           |   py39h1f6ef14_1          54 KB  conda-forge
    lcms2-2.15                 |       h67d730c_3         487 KB  conda-forge
    lerc-4.0.0                 |       h63175ca_0         190 KB  conda-forge
    libboost-1.82.0            |       h65993cd_6         2.3 MB  conda-forge
    libboost-python-1.82.0     |   py39h5c3ab46_6         108 KB  conda-forge
    libbrotlicommon-1.1.0      |       hcfcfb64_1          69 KB  conda-forge
    libbrotlidec-1.1.0         |       hcfcfb64_1          32 KB  conda-forge
    libbrotlienc-1.1.0         |       hcfcfb64_1         241 KB  conda-forge
    libdeflate-1.19            |       hcfcfb64_0         150 KB  conda-forge
    libexpat-2.5.0             |       h63175ca_1         135 KB  conda-forge
    libglib-2.78.1             |       he8f3873_0         2.5 MB  conda-forge
    libjpeg-turbo-3.0.0        |       hcfcfb64_1         804 KB  conda-forge
    libpng-1.6.39              |       h19919ed_0         336 KB  conda-forge
    libtiff-4.6.0              |       h6e2ebb7_2         769 KB  conda-forge
    libwebp-base-1.3.2         |       hcfcfb64_0         263 KB  conda-forge
    libxcb-1.15                |       hcd874cb_0         947 KB  conda-forge
    m2w64-gcc-libgfortran-5.3.0|                6         342 KB  conda-forge
    m2w64-gcc-libs-5.3.0       |                7         520 KB  conda-forge
    m2w64-gcc-libs-core-5.3.0  |                7         214 KB  conda-forge
    m2w64-gmp-6.1.0            |                2         726 KB  conda-forge
    m2w64-libwinpthread-git-5.0.0.4634.697f757|                2          31 KB  conda-forge
    matplotlib-base-3.8.1      |   py39hf19769e_0         6.3 MB  conda-forge
    msys2-conda-epoch-20160418 |                1           3 KB  conda-forge
    munkres-1.1.4              |     pyh9f0ad1d_0          12 KB  conda-forge
    openjpeg-2.5.0             |       h3d672ee_3         231 KB  conda-forge
    packaging-23.2             |     pyhd8ed1ab_0          48 KB  conda-forge
    pandas-2.1.3               |   py39h32e6231_0        10.7 MB  conda-forge
    pcre2-10.40                |       h17e33f8_0         1.9 MB  conda-forge
    pillow-10.1.0              |   py39h368b509_0        44.2 MB  conda-forge
    pixman-0.42.2              |       h63175ca_0         445 KB  conda-forge
    pthread-stubs-0.4          |    hcd874cb_1001           6 KB  conda-forge
    pycairo-1.25.1             |   py39h82915f6_0         101 KB  conda-forge
    pyparsing-3.1.1            |     pyhd8ed1ab_0          87 KB  conda-forge
    python-dateutil-2.8.2      |     pyhd8ed1ab_0         240 KB  conda-forge
    python-tzdata-2023.3       |     pyhd8ed1ab_0         140 KB  conda-forge
    pytz-2023.3.post1          |     pyhd8ed1ab_0         183 KB  conda-forge
    rdkit-2023.09.2            |   py39h4e49fef_0        34.6 MB  conda-forge
    reportlab-4.0.7            |   py39ha55989b_0         2.2 MB  conda-forge
    rlpycairo-0.2.0            |     pyhd8ed1ab_0          15 KB  conda-forge
    six-1.16.0                 |     pyh6c4a22f_0          14 KB  conda-forge
    sqlalchemy-2.0.23          |   py39ha55989b_0         2.6 MB  conda-forge
    typing-extensions-4.8.0    |       hd8ed1ab_0          10 KB  conda-forge
    typing_extensions-4.8.0    |     pyha770c72_0          34 KB  conda-forge
    unicodedata2-15.1.0        |   py39ha55989b_0         365 KB  conda-forge
    xorg-libxau-1.0.11         |       hcd874cb_0          50 KB  conda-forge
    xorg-libxdmcp-1.1.3        |       hcd874cb_0          66 KB  conda-forge
    zipp-3.17.0                |     pyhd8ed1ab_0          19 KB  conda-forge
    zlib-1.2.13                |       hcfcfb64_5         105 KB  conda-forge
    zstd-1.5.5                 |       h12be248_0         335 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       141.8 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  brotli             conda-forge/win-64::brotli-1.1.0-hcfcfb64_1 
  brotli-bin         conda-forge/win-64::brotli-bin-1.1.0-hcfcfb64_1 
  cairo              conda-forge/win-64::cairo-1.18.0-h1fef639_0 
  certifi            conda-forge/noarch::certifi-2023.7.22-pyhd8ed1ab_0 
  contourpy          conda-forge/win-64::contourpy-1.2.0-py39h1f6ef14_0 
  cycler             conda-forge/noarch::cycler-0.12.1-pyhd8ed1ab_0 
  expat              conda-forge/win-64::expat-2.5.0-h63175ca_1 
  font-ttf-dejavu-s~ conda-forge/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0 
  font-ttf-inconsol~ conda-forge/noarch::font-ttf-inconsolata-3.000-h77eed37_0 
  font-ttf-source-c~ conda-forge/noarch::font-ttf-source-code-pro-2.038-h77eed37_0 
  font-ttf-ubuntu    conda-forge/noarch::font-ttf-ubuntu-0.83-hab24e00_0 
  fontconfig         conda-forge/win-64::fontconfig-2.14.2-hbde0cde_0 
  fonts-conda-ecosy~ conda-forge/noarch::fonts-conda-ecosystem-1-0 
  fonts-conda-forge  conda-forge/noarch::fonts-conda-forge-1-0 
  fonttools          conda-forge/win-64::fonttools-4.44.0-py39ha55989b_0 
  freetype           conda-forge/win-64::freetype-2.12.1-hdaf720e_2 
  freetype-py        conda-forge/noarch::freetype-py-2.3.0-pyhd8ed1ab_0 
  gettext            conda-forge/win-64::gettext-0.21.1-h5728263_0 
  greenlet           conda-forge/win-64::greenlet-3.0.1-py39h99910a6_0 
  icu                conda-forge/win-64::icu-73.2-h63175ca_0 
  importlib-resourc~ conda-forge/noarch::importlib-resources-6.1.1-pyhd8ed1ab_0 
  importlib_resourc~ conda-forge/noarch::importlib_resources-6.1.1-pyhd8ed1ab_0 
  kiwisolver         conda-forge/win-64::kiwisolver-1.4.5-py39h1f6ef14_1 
  lcms2              conda-forge/win-64::lcms2-2.15-h67d730c_3 
  lerc               conda-forge/win-64::lerc-4.0.0-h63175ca_0 
  libboost           conda-forge/win-64::libboost-1.82.0-h65993cd_6 
  libboost-python    conda-forge/win-64::libboost-python-1.82.0-py39h5c3ab46_6 
  libbrotlicommon    conda-forge/win-64::libbrotlicommon-1.1.0-hcfcfb64_1 
  libbrotlidec       conda-forge/win-64::libbrotlidec-1.1.0-hcfcfb64_1 
  libbrotlienc       conda-forge/win-64::libbrotlienc-1.1.0-hcfcfb64_1 
  libdeflate         conda-forge/win-64::libdeflate-1.19-hcfcfb64_0 
  libexpat           conda-forge/win-64::libexpat-2.5.0-h63175ca_1 
  libglib            conda-forge/win-64::libglib-2.78.1-he8f3873_0 
  libjpeg-turbo      conda-forge/win-64::libjpeg-turbo-3.0.0-hcfcfb64_1 
  libpng             conda-forge/win-64::libpng-1.6.39-h19919ed_0 
  libtiff            conda-forge/win-64::libtiff-4.6.0-h6e2ebb7_2 
  libwebp-base       conda-forge/win-64::libwebp-base-1.3.2-hcfcfb64_0 
  libxcb             conda-forge/win-64::libxcb-1.15-hcd874cb_0 
  m2w64-gcc-libgfor~ conda-forge/win-64::m2w64-gcc-libgfortran-5.3.0-6 
  m2w64-gcc-libs     conda-forge/win-64::m2w64-gcc-libs-5.3.0-7 
  m2w64-gcc-libs-co~ conda-forge/win-64::m2w64-gcc-libs-core-5.3.0-7 
  m2w64-gmp          conda-forge/win-64::m2w64-gmp-6.1.0-2 
  m2w64-libwinpthre~ conda-forge/win-64::m2w64-libwinpthread-git-5.0.0.4634.697f757-2 
  matplotlib-base    conda-forge/win-64::matplotlib-base-3.8.1-py39hf19769e_0 
  msys2-conda-epoch  conda-forge/win-64::msys2-conda-epoch-20160418-1 
  munkres            conda-forge/noarch::munkres-1.1.4-pyh9f0ad1d_0 
  openjpeg           conda-forge/win-64::openjpeg-2.5.0-h3d672ee_3 
  packaging          conda-forge/noarch::packaging-23.2-pyhd8ed1ab_0 
  pandas             conda-forge/win-64::pandas-2.1.3-py39h32e6231_0 
  pcre2              conda-forge/win-64::pcre2-10.40-h17e33f8_0 
  pillow             conda-forge/win-64::pillow-10.1.0-py39h368b509_0 
  pixman             conda-forge/win-64::pixman-0.42.2-h63175ca_0 
  pthread-stubs      conda-forge/win-64::pthread-stubs-0.4-hcd874cb_1001 
  pycairo            conda-forge/win-64::pycairo-1.25.1-py39h82915f6_0 
  pyparsing          conda-forge/noarch::pyparsing-3.1.1-pyhd8ed1ab_0 
  python-dateutil    conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.2-pyhd8ed1ab_0 
  python-tzdata      conda-forge/noarch::python-tzdata-2023.3-pyhd8ed1ab_0 
  pytz               conda-forge/noarch::pytz-2023.3.post1-pyhd8ed1ab_0 
  rdkit              conda-forge/win-64::rdkit-2023.09.2-py39h4e49fef_0 
  reportlab          conda-forge/win-64::reportlab-4.0.7-py39ha55989b_0 
  rlpycairo          conda-forge/noarch::rlpycairo-0.2.0-pyhd8ed1ab_0 
  six                conda-forge/noarch::six-1.16.0-pyh6c4a22f_0 
  sqlalchemy         conda-forge/win-64::sqlalchemy-2.0.23-py39ha55989b_0 
  typing-extensions  conda-forge/noarch::typing-extensions-4.8.0-hd8ed1ab_0 
  typing_extensions  conda-forge/noarch::typing_extensions-4.8.0-pyha770c72_0 
  unicodedata2       conda-forge/win-64::unicodedata2-15.1.0-py39ha55989b_0 
  xorg-libxau        conda-forge/win-64::xorg-libxau-1.0.11-hcd874cb_0 
  xorg-libxdmcp      conda-forge/win-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-hcd874cb_0 
  zipp               conda-forge/noarch::zipp-3.17.0-pyhd8ed1ab_0 
  zlib               conda-forge/win-64::zlib-1.2.13-hcfcfb64_5 
  zstd               conda-forge/win-64::zstd-1.5.5-h12be248_0 



Downloading and Extracting Packages: ...working... done
Preparing transaction: ...working... done
Verifying transaction: ...working... done
Executing transaction: ...working... done

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合并两个有序链表是c语言数据结构中比较经典的问题&#xff0c;首先两个链表都是有序的&#xff0c;即节点的顺序是按照各个节点中的值从小到大排序&#xff0c;而且合并之后的新链表中的各个节点顺序也要满足从小到大的排序&#xff0c;具体如下图所示。 思路&#xff1a;用ma…

2012年7月11日 Go生态洞察:Gccgo在GCC 4.7.1中的集成

&#x1f337;&#x1f341; 博主猫头虎&#xff08;&#x1f405;&#x1f43e;&#xff09;带您 Go to New World✨&#x1f341; &#x1f984; 博客首页——&#x1f405;&#x1f43e;猫头虎的博客&#x1f390; &#x1f433; 《面试题大全专栏》 &#x1f995; 文章图文…

Mysql学习笔记--基础

一&#xff0c;SQL最重要的增删改命令格式 1&#xff0c;insert into 表名&#xff08;不写这个括号里面的内容就默认所有字段都要添加&#xff09; values&#xff08;&#xff09; 插入单条数据 2&#xff0c;insert into 表名 (里面是列名) values&#xff08;根据列名依次…

.Net-C#文件上传的常用几种方式

1.第一种上传方式,基本通用于.net所有的框架 [HttpPost][Route("Common/uploadFile1")]public string uploads(){HttpContextBase context (HttpContextBase)Request.Properties["MS_HttpContext"];//获取传统contextHttpRequestBase request context.Re…

阶段七-Day04-Spring03

一、Sping声明式事务 1. 编程式事务介绍 整个事务控制的代码都需要程序员自己编写。包含&#xff1a;开启事务&#xff08;openSession()&#xff0c;创建SqlSession时MyBatis底层自动创建Transaction对象&#xff09;、提交事务(session.commit())、回滚事务(session.rollba…

新型的铁塔基站“能源管家”

安科瑞 崔丽洁 引言&#xff1a;随着5G基站的迅猛发展&#xff0c;基站的能耗问题也越来越突出&#xff0c;高效可靠的基站配电系统方案&#xff0c;是提高基站能耗使用效率&#xff0c;实现基站节能降耗的重要保证&#xff0c;通过多回路仪表监测每个配电回路的用电负载情况&a…

Clickhouse学习笔记(9)—— 语法优化

ClickHouse 的 SQL 优化规则是基于 RBO(Rule Based Optimization&#xff09;实现的 官方数据集的使用 为了方便测试CK的语法优化规则&#xff0c;尝试使用官方提供的数据集&#xff1b; 需要使用的数据集是visits_v1和hints_v1&#xff1a; Anonymized Web Analytics Data …

Mysql基本知识

1.SQL分类 DDL【data definition language】 数据定义语言&#xff0c;用来维护存储数据的结构 代表指令: create, drop, alter DML【data manipulation language】 数据操纵语言&#xff0c;用来对数据进行操作 代表指令&#xff1a; insert&#xff0c;delete&#xff0c;up…

MapInfo Pro “偏移”命令

偏移对象的用途是什么&#xff1f; 将一个或多个地图对象移动特定距离和/或方向&#xff0c;并将其放置在可编辑层中。对象可以来自任何层。您可以在选择操作后聚合数据。 ​ “偏移对象”何时处于活动状态&#xff1f; 当“贴图”窗口为活动窗口时&#xff0c;该窗口具有可编…

2023数字科技生态大会-数字安全论坛 学习笔记

监管合规->价值创造的方向&#xff0c;在安全领域的发展方向-安全运营服务型 ICT->数字->数据 数字安全&#xff1a;网络安全数据安全 传统信息化以计算为核心&#xff0c;数字化以数据为核心 数字安全技术发展十大趋势&#xff1a; 一、 数字安全技术政策环境将不…

电热毯电热床上用品上架亚马逊美国站UL964测试标准要求

美国是一个对安全要求非常严格的国家&#xff0c;美国本土的所有电子产品生产企业早在很多年前就要求有相关检测。而随着亚马逊在全球商业的战略地位不断提高&#xff0c;境外的电子设备通过亚马逊不断涌入美国市场。“为保证消费者得安全&#xff0c;亚马逊始终强调带电得产品…

一文了解芯片测试项目和检测方法 -纳米软件

芯片检测是芯片设计、生产、制造成过程中的关键环节&#xff0c;检测芯片的质量、性能、功能等&#xff0c;以满足设计要求和市场需求&#xff0c;确保芯片可以长期稳定运行。芯片测试内容众多&#xff0c;检测方法多样&#xff0c;今天纳米软件将为您介绍芯片的检测项目都有哪…

【EDAS论文投稿】

背景 第一次使用这个系统投稿&#xff0c;不是很熟练甚至差点错过了投稿时间&#xff0c;所以记录一下投稿过程中出现的致命问题。 注册、登录就不用说了 登陆后选择自己的会议的symposia 添加文章信息&#xff1b;依次添加作者信息 在第三步长传文件时&#xff0c;系统提示…

Ultipa 支持OpenCypher,助力企业级应用发展

OpenCypher 是欧美图数据库厂家 Neo4j 基于其图查询语言Cypher 开发的一套开源图查询语言&#xff0c;该语言也是开发者们较为熟悉的图查询语言之一。 Ulitpa Graph&#xff08;嬴图&#xff09;于2022年6月实现的对OpenCypher 的支持&#xff0c;旨在让用户能够通过自己熟悉的…

springcloudalibaba入门详细使用教程

目录标题 一、简介二、SpringCloud Alibaba核心组件2-1、Nacos (配置中心与服务注册与发现)2-2、Sentinel (分布式流控)2-3、RocketMQ (消息队列)/RabbitMq/kafka2-4、Seata (分布式事务)2-5、Dubbo (RPC) 三、为什么大家看好 Spring Cloud Alibaba3-1、阿里巴巴强大的技术输出…

使用责任链模式实现登录风险控制

责任链模式 责任链模式是是设计模式中的一种行为型模式。该模式下&#xff0c;多个对象通过next属性进行关系关联&#xff0c;从而形成一个对象执行链表。当发起执行请求时&#xff0c;会从首个节点对象开始向后依次执行&#xff0c;如果一个对象不能处理该请求或者完成了请求…

福建科立讯通信 指挥调度管理平台RCE漏洞复现

0x01 产品简介 福建科立讯通信指挥调度管理平台是一个专门针对通信行业的管理平台。该产品旨在提供高效的指挥调度和管理解决方案&#xff0c;以帮助通信运营商或相关机构实现更好的运营效率和服务质量。该平台提供强大的指挥调度功能&#xff0c;可以实时监控和管理通信网络设…

一文让你了解网络刷卡器的特点和优势

网络刷卡器一款高性能的多协议电子标签读写器&#xff0c;保持高识读率的同时实现对电子标签的快速读写处理&#xff0c;广泛应用于物流追踪、个人身份识别、人员管理、智能停车场、门禁考勤、公交一卡通、餐饮、金融等多个领域。 特点和优势&#xff1a; 1&#xff09;低功耗、…

知识管理工具zotero的数据迁移工作

工作中一直使用zotero来管理一些有价值的文档&#xff0c;时间长了这个数据库的大小也是很大的&#xff0c;如果有调整电脑的需求&#xff0c;那么这个数据库就要随之迁移&#xff0c;zotero有两种数据迁移方式&#xff0c;一种是云同步&#xff0c;需要买zotero的容量&#xf…