BIDS数据存储格式介绍与dcm2bids安装与使用

news2024/11/27 14:50:58

介绍dcmtk和dcm2bids

BIDS（Brain Imaging Data Structure）是一种用于规范化神经影像数据的标准，它定义了数据的目录结构、文件命名规则和元数据格式。BIDS使得数据的共享和分析更加容易，同时很多主流的图像处理自动化软件也需要BIDS存储格式来作为输入。

数据存储模式如下：

每个影像模态文件夹内包含了对应文件：

介绍dcm2bids

dcm2bids工具用于将DICOM格式的医学影像数据转换为BIDS格式。

安装Conda

在开始安装dcm2bids之前，您需要安装Conda，这是一个流行的包管理器，用于创建和管理Python环境。以下是在Linux上安装Conda的步骤：

下载Miniconda：访问Miniconda官网（https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html），下载适配系统的版本。
运行安装脚本：打开终端并导航到包含下载的脚本的目录。运行以下命令，其中Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh是您下载的脚本文件名：
```
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
```
按照安装程序的提示：按照安装程序的提示进行安装，可以通过按回车键接受默认选项。安装完成后，您需要重新启动终端。

安装dcm2bids

一旦您成功安装了Conda，接下来，您可以使用Conda创建一个新的环境并在其中安装dcm2bids与相关工具包。

创建Conda环境：在终端中运行以下命令以创建一个新的Conda环境，命名为"dcm2bids"（您可以根据需要选择不同的环境名）：
```
conda create -n dcm2bids python=3
```
激活环境：激活新创建的环境：
```
conda activate dicom_env
```
安装dcm2bids：使用pip（Python包管理器）安装dcm2bids：
```
pip install dcm2bids
```
安装dcm2niix：
```
conda install -c conda-forge dcm2niix
```
安装pigz:
```
conda install -c conda-forge pigz
```

现在，您的环境已经准备好，可以使用dcm2bids工具将DICOM数据转换为BIDS格式。

使用dcm2bids

dcm2bids工具使用命令行完成：

dcm2bids -d DICOM_DIR -p PARTICIPANT_ID <-s SESSION_ID> -c CONFIG_FILE

-d 对应原始所有dicom所在路径，-p对应您想给被试的命名，-s指纵向队列中多次采集的次序，CONFIG_FILE是一个说明文件，用来从dicom文件源信息中抓取关键字，将转格式后生成的文件放进BIDS对应的文件夹中，其生成方式参考https://unfmontreal.github.io/Dcm2Bids/3.1.1/how-to/create-config-file/。

*需要注意的是，不同版本的dcm2bids对-p和CONFIG_FILE有不同要求：

2.*.*版本执行时，新生成的被试名可以包含字符和数字之外的符号，所用的config文件是老版本，即*.conf: