Matlab Runtime 安装

一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。 MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。 freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。 MCR版本要求如下。

在 freesurfer 7.0 以上版本时，请通过运行以下命令安装 MCR 8.4 (R2014b)：

fs_install_mcr R2014b

在 freesurfer 6.0 版本时，请通过运行以下命令安装 MCR 8.0 (R2012b)：

fs_install_mcr R2012b

注意：如果 fs_install_mcr 脚本在您的 freesurfer 发行版中不可用，可以通过运行以下命令来下载：

cd $FREESURFER_HOME/bin && curl https://raw.githubusercontent.com/freesurfer/freesurfer/dev/scripts/fs_install_mcr -o fs_install_mcr && chmod +x fs_install_mcr

注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。

1. 运行recon-all：

#!/usr/bin/env bash
export SUBJECTS_DIR=/media/data/HC_dataset/ProOutput/freeT1w
T1wpath=/media/data/HC_dataset/HCBIDS
anatpath=/media/data/HC_dataset/ProOutput/anat


for subj in `cat group1.txt`
do
      cp $T1wpath/$subj/anat/*.nii $anatpath
done

#并行运行
ls $anatpath/*.nii | parallel --jobs 60 recon-all -s {.} -i {} -all -qcache

2. 利用 recon-all -s subj -hippocampal-subfields-T1 进行海马分割

#!/usr/bin/env bash
export SUBJECTS_DIR=/media/data/HC_dataset/ProOutput/freeT1w
T1wpath=/media/data/HC_dataset/HCBIDS
anatpath=/media/data/HC_dataset/ProOutput/anat


for subj in `cat group1.txt`
do
      recon-all -s $subj -hippocampal-subfields-T1
done

3. 结束后需要在/$SUBJECTS_DIR/subject/的文件夹/mri路径下输入下面的代码查看分割情况

freeview -v nu.mgz -v lh.hippoSfLabels-T1.v10.mgz:colormap=lut -v rh.hippoSfLabels-T1.v10.mgz:colormap=lut

4. 在文件SUBJECTS_DIR路径下输入quantifyHippocampalSubfields.sh 收集所有被试的海马体积

#!/usr/bin/env bash
export SUBJECTS_DIR=/media/data/HC_dataset/ProOutput/freeT1w
T1wpath=/media/data/HC_dataset/HCBIDS
anatpath=/media/data/HC_dataset/ProOutput/anat


quantifyHippocampalSubfields.sh T1 hippocampal_volume.txt

Abbreviations: CA, cornu ammonis; DG, dentate gyrus; GC-DG, granule cell layer of dentate
gyrus; HATA, hippocampal-amygdaloid transition region.

参考文献

A computational atlas of the hippocampal formation using ex vivo, ultra-high resolution MRI: Application to adaptive segmentation of in vivo MRI. Iglesias, J.E., Augustinack, J.C., Nguyen, K., Player, C.M., Player, A., Wright, M., Roy, N., Frosch, M.P., McKee, A.C., Wald, L.L., Fischl, B., and Van Leemput, K. Neuroimage, 115, July 2015, 117-137.

Genon, S., Bernhardt, B. C., La Joie, R., Amunts, K., & Eickhoff, S. B. (2021). The many dimensions of human hippocampal organization and (dys) function. Trends in neurosciences, 44(12), 977-989.