KEGG信号通路富集分析
当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这下差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。
1. 通过uniprot将Gene name转换为GeneID
UniProt网站中的ID mapping具有强大的各类数据ID互相映射转换功能，支持多个数据库之间的互联互通和一次性多条数据ID的转换。因此，我们通过uniprot将原始数据种的Gene name转换为GeneID。
注：大多数比较古早的教程都是把Gene name转换为UniProt ID,但是最新版本的KEGG的标识符已经不直接支持UniProt ID，而是KEDD ID或者GeneID。但是为什么不选KEGG ID是因为在ID mapping的过程中，KEGG ID缺失的情况要比GeneID缺失的情况更严重，因此为了保留更多的数据，我们选择了兼容性更好的GeneID。不过，我发现KEGG也有自己映射工具Convert ID，我自己还没用过，有兴趣的可以尝试下。
1.1 ID mapping：数据导入
- 可以直接将原始数据的中的Gene name列直接复制进ID mapping的输入框。如果基因数量较多，可以将Gene
name列单独保存成单个文件，从load from text file出导入。 From database选择第一个UniProt的子项“Gene Name”。To database则可默认选择UniProtKB，GeneID和KEGG的ID可以通过UniProtKB链接的相关信息所得。- 最重要的是不要忘记填写物种信息，图中展示的为小鼠，不然需要在获得映射数据后再次将物种信息过滤一次。
- 最后点击
Map 15 IDs。
1.2 下载设置
确认输入的ID是Gene name，否则无法获得成功映射。上一步提交后，可获得UniProt任务列表，状态栏Status显示Completed后，点击下方链接预览ID映射的结果。
在结果预览页面中，点击Download。（数量较少也可以直接在该页面直接筛选目标信息）
下载Excel或者其他自己熟悉处理的数据文件格式。并注意选择外部链接（External links），其中就包含了我们需要的GeneID , KEGG。
输出内容除了默认6项外，在外部链接（External links）中的基因组注释（Genome annotation）勾选GeneID , KEGG。
注：如果当同时勾选GeneID , KEGG后无法成功下载，大概率是因为KEGG的ID不全无法生成下载链接。解决方法是只勾选GeneID。
1.3 ID mapping后数据处理
生成的表格数据会存在大量的重复或者空缺值，这将会造成ID mapping数据前后并不能保持一致，需要根据自己情况进行删减或保留处理。
- 同一个基因条目重复，需要根据自己情况进行删减或保留处理。
- GeneID数据为空的删除。
2. KEGG通路富集搜索
KEGG Mapper A suite of KEGG mapping tools。KEGG Mapper – Search (过去被称为 Search Pathway)是在用户数据集中搜索映射对象并将其标记为红色的传统工具。
2.1 搜索模式（Search mode）
2.2 通路搜索
如果你的基因物种来源不是human，那么最最最重要的是选择搜索模式为other org，示例物种小鼠mmu；基因物种来源为human则可直接选择hsa搜索模式。
接着将GeneID直接复制粘贴或者文件导入，点击Exec提交任务。
2.3 通路富集
最终获得通路富集数据，通过数据处理，进行可视化展示。
