补充资源 Supplementary resources
https://docs.qiime2.org/2023.5/supplementary-resources/
教学内容 Educational content
以下资源对于了解有关微生物组分析和生物信息学的更多信息很有用：
应用生物信息学导论
An Introduction to Applied Bioinformatics
http://readiab.org/
这是一套基于Python的生物信息、统计学交互学习教材，有详细的理解讲解，并可在线或本地实战。
肠道检查：探索身体中的微生物群系
Gut Check: Exploring Your Microbiome
https://www.coursera.org/learn/microbiome
这是Rob Knight曾经在科罗拉多大学开设的微生物组入门课程，而且持续更新，目前已经有6万余人学习，绝对是入门必备。有视频讲解，有阅读材料，有测验和作业互评。视频、文本还可以下载。4年前学过，虽然现在已经记得的不多，但当时收获还是非常之大。
微生物生态学统计分析指南
Guide to Statistical Analysis in Microbial Ecology
http://mb3is.megx.net/gustame
非常好生物统计学教程。对于PCoA、PCA、各种排序和统计有详细的解读。
总结：以上3门课的系统学习，为将来在本领域的发展的基础课程。得一可入门，得二可有远见，全学会必成本领域大才。
译者简介
刘永鑫，研究员，博士生导师。2014年博士毕业于中国科学院大学生物信息学专业，之后在中国科学院遗传与发育生物学研究所工作历任博士后、工程师、高级工程师，2022年10月加入中国农业科学院深圳农业基因组研究所担任课题组长。研究方向为宏基因组方法开发、功能挖掘和科学传播。参与QIIME 2项目，主导开发了易扩增子(EasyAmplicon)、易宏基因组(EasyMetagenome)、培养组(Culturome)分析流程、数据分析网站(EVenn、ImageGP) 和R包(amplicon、ggClusterNet)等，目标是全面打造宏基因组领域方法学基础设施，推动微生物组学发展。以(共同)第一或通讯作者在Nature Biotechnology、Nature Microbiology、iMeta等期刊发表论文20余篇。合作在Science、Cell Host & Microbe、Microbiome等期刊发表论文20余篇，累计发表论文50余篇，被引用13000+次。主编《微生物组实验手册》专著，由300多位同行参与，共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号，15万+同行关注，分享原创文章3千余篇，累计阅读量超4千万，打造本领域最具影响力的科学传播平台。发起《iMeta》期刊，联合全球千位专家共同打造宏基因组学、微生物组和生物信息学顶刊，解决我国本领域期刊出版卡脖子问题。课题组长期招聘博士后、客座研究生，有兴趣可加微信yongxinliu详谈。
王惠铃，湖南农业大学，生物信息学本科在读，在刘永鑫组毕业实习。负责本次版本的更新和测试。
Reference
https://docs.qiime2.org/2023.5
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R. Dillon, Nicholas A. Bokulich, Christian C. Abnet, Gabriel A. Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J. Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E. Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J. Brislawn, C. Titus Brown, Benjamin J. Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily K. Cope, Ricardo Da Silva, Christian Diener, Pieter C. Dorrestein, Gavin M. Douglas, Daniel M. Durall, Claire Duvallet, Christian F. Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M. Gauglitz, Sean M. Gibbons, Deanna L. Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin A. Huttley, Stefan Janssen, Alan K. Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin D. Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R. Keefe, Paul Keim, Scott T. Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan G. I. Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D. Martin, Daniel McDonald, Lauren J. McIver, Alexey V. Melnik, Jessica L. Metcalf, Sydney C. Morgan, Jamie T. Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A. Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B. Orchanian, Talima Pearson, Samuel L. Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S. Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R. Spear, Austin D. Swafford, Luke R. Thompson, Pedro J. Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J. Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C. Weber, Charles H. D. Williamson, Amy D. Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R. Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight & J. Gregory Caporaso#. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 2019, 37(8): 852-857. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9
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