🍅 课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记  中科院_2022秋季课 第一学期

🍅 个人笔记使用

🍅 2023/7/19

 

 

 

 

 

 

 

测序技术

 

 

 

 鸟枪法测序

 

 

 

 

全球测试仪的使用情况

 

 

 

 边合成边测序

 

 深颜色是加的接头 adapter

浅颜色的是要测的片段 insert

① 重叠的情况 是可以完整获得目标序列的全长的

② 读通的情况 需要去除多余读出来的 adapter 的信息

 覆盖度 测序的占据整个的比例

深度     平均的情况  覆盖基因组的次数~

 概念  单端测序和双端测序

三代测序的比较

 一代测序错误率万分之一

二代就是百分之一左右 但是深度比较深，可以去弥补、纠正

三代测序  单分子实时测序

 

一个小孔只允许一个分子进入  完成一个分子的实时测序

 dna聚合酶在底部  捕获分子 配对也有荧光标记

通过荧光信息 获取分子信息

通量取决于小孔 的数量

 

 三代相比于二代 读长方面很有优势

 

 连续长读  适合长度长的 可以测 20k以上的序列 甚至80k 100k 错误率 10% -- 15%

高精度长读 错误率可以在1%甚至更低

 两边加接头 环化

虽然每一次的错误率很高，但是测试次数多~ 纠正了错误

长度也是 10k数量级

 精度 99.9%以上

 

 nanopore 电信号测序

马达蛋白把单分子推进纳米孔

薄膜蛋白两端有电压(电势)的 不同的碱基组合 就有不同的电压变化 

 

 

 

 电信号

 

 

 

 

 

 

 

FastQC评估质量 举例

 还可以看每一个序列的质量分布 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 考虑剪切的和不考虑的mapping

 

 

 

 

 

 

 

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