注释气泡图函数（更新）

news2024/11/27 4:36:59

之前我们写过一个原创可视化函数Dotplot_anno.R，nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）。主要解决的问题是1) 单细胞基因可视化分组注释。2) Bulk RNA差异基因热图、气泡图。3) 富集分析结果气泡图展示。这个函数还是受到很多小伙伴的喜爱的。但是在实际应用过程中发现了一些问题，所以这里我们对这个函数进行一下更新，解决一些问题，之前购买过此函数的小伙伴可微信联系作者获取更新版。微信VIP群已更新！

主要更新的内容是一些之前遗留的疏忽错误，例如气泡过大的问题等等。此外小伙伴反应之后，我们也发现，之前的函数在做单细胞气泡图的时候函数没有提供修改因子顺序，因为order=T设置之后导致气泡是按照从大到小排列的。所以这里我们修改一下，让顺序排列更加灵活。

为了演示，我们换一个数据，其他的内容不变，只演示单细胞的内容。我们先按照默认的做一下，order=T。

library(Seurat)library(ggplot2)library(dittoSeq)source('./Dotplot_anno.R')human_data <- readRDS("D:/KS项目/公众号文章/human_data.rds")DefaultAssay(human_data) <- "RNA"#marker基因的排序还是以细胞为一组，主要是为了后续好分组markers <- c("SPARCL1","GNG11","IFITM3","AQP1",#macrophage             "CD3D","CD3E","CD3G","CD2",#T cell             "AIF1","MS4A6A","MNDA","LYZ",#DC             "S100A8","S100A9","ANXA1","CALML3",#Neutrophil             "CPA3","SLC18A2","RGS13","IL1RL1")#Mast#默认,order = TDotplot_anno(human_data,              features = markers,              celltype_color = dittoColors(),             group = c(rep('MAC',4), rep('Tcell',4),rep('DC',4),                       rep('NEU',4), rep('MAST',4)),             color = colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),             order = T)

可以看到，顶部分组排序是按照首字母排序的，数据不是从到大到小从左到右排列。我们可以将分组排序，让其调整顺序。需要引入的一个参数是groups。

#可以看到，顶部分组排序是按照首字母排序的#数据不是从到大到小从左到右排列。我们可以将分组排序，让其调整顺序#需要引入的一个参数是groupsDotplot_anno(human_data,              features = markers,              celltype_color = dittoColors(),             group = c(rep('MAC',4), rep('Tcell',4),rep('DC',4),                       rep('NEU',4), rep('MAST',4)),             color = colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),             order = T,             groups = c('MAC','MAST','DC','NEU','Tcell'))

假设我们对于左侧celltype的排序也要按照自己顺序调整。那么order参数选择F，用level设置自己需要的顺序，groups也是可以设置的。

#假设我们对于左侧celltype的排序也要按照自己顺寻调整#那么order参数选择F，用level设置自己需要的顺序，groups也是可以设置的Dotplot_anno(human_data,              features = markers,              celltype_color = dittoColors(),             group = c(rep('MAC',4), rep('Tcell',4),rep('DC',4),                       rep('NEU',4), rep('MAST',4)),             color = colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),             order = F,             groups = c('MAC','MAST','DC','NEU','Tcell'),             level = c("T cell","Neutrophil","mDC","Mast","Macrophage"))