在找开源的QSAR平台
在WOS里用“open source”、“QSAR”、“platform”为关键字找到一个描述QSAR-Co-X的文献,这是一个基于python开发的QSAR平台(额,,,目前还不是很清楚)。
根据链接找到Github里代码的所在地:
安装下载经验:
用conda建立一个3.9版的python环境:
conda create -n qsar python=3.9 #建立虚拟环境qsar
conda env list #查看环境
Co_X_v1版的zip包里提供一个requirements.txt文件,这在Co_X_v2里没有。
环境的激活和失活:
conda activate qsar
conda deactivate
激活qsar环境、用pip安装requirements.txt里提及到的packages,去掉txt里包的版本号,否则会报错,requirements.txt内容如下:
# cat requirements.txt
pandas
numpy
scipy
matplotlib
mlxtend
#joblib
threadpoolctl
scikit-learn
tk
pip安装要求的环境:
pip install -r requirements
由于用python3.9运行Co_X_v1报错,所以这里建议使用Co_X_v2。
运行成功:
建模算法review:
几种QSAR建模方法的研究进展与应用.pdf (book118.com)