一、题目描述
一个 DNA 序列由 A/C/G/T 四个字母的排列组合组成。 G 和 C 的比例(定义为 GC-Ratio )是序列中 G 和 C 两个字母的总的出现次数除以总的字母数目(也就是序列长度)。在基因工程中,这个比例非常重要。因为高的 GC-Ratio 可能是基因的起始点。
给定一个很长的 DNA 序列,以及限定的子串长度 N ,请帮助研究人员在给出的 DNA 序列中从左往右找出 GC-Ratio 最高且长度为 N 的第一个子串。
DNA序列为 ACGT 的子串有: ACG , CG , CGT 等等,但是没有 AGT , CT 等等。
数据范围:字符串长度满足 1≤n≤1000 ,输入的字符串只包含 A/C/G/T 字母。
二、输入描述
输入一个string型基因序列,和int型子串的长度。
三、输出描述
找出GC比例最高的子串,如果有多个则输出第一个的子串。
四、解题思路
- 首先读取输入的基因序列和子串长度;
- 初始化变量 len 和 result,分别用于记录最高的GC比例和对应的子串;
- 使用循环遍历基因序列,每次取长度为 N 的子串;
- 对当前子串进行处理,使用正则表达式将非 GC 字母替换为空字符串,得到仅包含 GC 字母的子串 res;
- 计算当前子串的GC比例 cur,即 res 的长度除以子串长度;
- 如果当前GC比例 cur 大于之前记录的最高比例 len,则更新 len 和 result;
- 循环结束后,输出最高GC比例对应的子串 result。
五、JavaScript算法源码
function calculate(dnaSequence, n) {
let len = 0.0;
let result = '';
for (let i = 0; i < dnaSequence.length - n + 1; i++) {
const subsequence = dnaSequence.substring(i, i + n);
const gcSubsequence = subsequence.replace(/[^GC]/g, '');
const cur = gcSubsequence.length / n;
if (cur > len) {
len = cur;
result = subsequence;
}
}
return result;
}
六、效果展示
1、输入
ACGT
2
2、输出
CG
3、说明
ACGT长度为2的子串有AC,CG,GT3个,其中AC和GT2个的GC-Ratio都为0.5,CG为1,故输出CG 。
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